Znowelizowanie ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa dokonane w dniu 20 grudnia 2002 r. dotyczące wysokości stawek procentowych, budzi wątpliwości sądu pytającego. Różnicuje bowiem znajdujących się w podobnej sytuacji prawnej użytkowników wieczystych nieruchomości przeznaczonych na cele mieszkaniowe, realizacje urządzeń infrastruktury lub inne cele publiczne. Użytkownicy wieczyści gruntów, które są przeznaczonych na takie cele, a nie będących w zasobach Agencji Nieruchomości Rolnych zobowiązani są uiszczać opłaty wedle stawki 1 %, gdy tymczasem grunty o tym samym przeznaczeniu, a nie znajdujące się w zasobach ANR zostały zakwalifikowane zgodnie z kwestionowanym przepisem jako oddane na "inne cele" i objęte 3% stawką.
Według sądu pytającego, zakwestionowany przepis wprowadza odstępstwo od konstytucyjnej zasady równości. Nie sposób bowiem wskazać racjonalnych argumentów mających przemawiać za tym że wieczyści użytkownicy gruntów będących w zasobie ANR, a wykorzystywanych na cele mieszkaniowe, powinni uiszczać za lata 2004 i 2005 wyższe opłaty niż wieczyści użytkownicy pozostałych gruntów państwowych jak i gruntów komunalnych, wykorzystywanych na te same cele.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 17b ust. 1 pkt 3 ustawy z dnia 19 października 1991 r. o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa dodany przez art. 1 pkt 6 lit. a ustawy z dnia 20 grudnia 2002 r. o zmianie ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa w zakresie, w jakim dotyczy nieruchomości rolnych wykorzystywanych na cele mieszkaniowe do dnia wejścia w życie ustawy z dnia 29 lipca 2005 r. o przekształceniu prawa użytkowania wieczystego w prawo własności nieruchomości jest zgodny z art. 64 ust. 2 konstytucji oraz nie jest niezgodny z art. 75 ust. 1 konstytucji. W pozostałym zakresie Trybunał umorzył postępowanie ze względu na zbędność wydania wyroku. Istotne znaczenie dla kierunku orzeczenia miało to, że TK zgodnie z zasadą skargowości orzekał wyłącznie w zakresie zakwestionowanym przez sąd pytający.
Trybunał uznał, że zawarty w zakwestionowanym przepisie wyjątek od ogólnej zasady równości oraz od zasady ochrony własności i praw majątkowych znajduje uzasadnienie w celach i zasadach ustawy o kształtowaniu ustroju rolnego. Ustawa dotyczy prowadzenia szczególnej polityki państwa w zakresie reprywatyzacji i rekonstrukcji własności rolnych Skarbu Państwa. W tym celu utworzono Agencję Nieruchomości Rolnych wyposażając ją w samodzielność w zakresie prowadzenia gospodarki, a także w sferze stosunków prawnych. Agencja w zakresie określonym w ustawie jest instrumentem polityki państwa. Do ustawodawcy należy określenie celów i zadań tej polityki a odstępstwo od zasad wyrażonych w powyższych przepisach konstytucji ma służyć jej realizacji.
