Zgodnie z zasadą równouprawnienia związków wyznaniowych, dotacje z budżetu państwa na takich samych zasadach należałoby przyznać tym wszystkim związkom wyznaniowym, które prowadzą wyższe seminaria duchowne, lub – jak proponuje wnioskodawca- żadnemu spośród nich nie zapewniać wsparcia finansowego w tym zakresie. To drugie rozwiązanie jest zgodne z dyrektywą bezstronności władz publicznych RP w sprawach przekonań religijnych oraz z zasadą wzajemnej niezależności państwa i związków wyznaniowych – podkreślają wnioskodawcy.
Zakwestionowane ustawy, zdaniem wnioskodawców, są niezgodne z zasadą równości wobec prawa uczelni niepublicznych oraz z zasadą dyskryminacji z jakiejkolwiek przyczyny. Ustawodawca bowiem zapewnił wsparcie finansowe wybranym uczelniom, uzasadniając to nie merytorycznie, a zapewne wyznaniowo. Ponadto ustawy zostały przyjęte w sposób niezgodny z przepisami Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzeczpospolitą Polską. Wspomniany traktat ogranicza zaś suwerenność prawodawczą państwa polskiego w stosunku do związków wyznaniowych.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że: ustawa z dnia 5 kwietnia 2006 r. o finansowaniu Papieskiego Wydziału Teologicznego w Warszawie z budżetu państwa, o finansowaniu Papieskiego Wydziału Teologicznego we Wrocławiu z budżetu państwa o finansowaniu Wyższej Szkoły Filozoficzno-Pedagogicznej "Ignatianum" w Krakowie z budżetu państwa są zgodne z art. 25 ust. 1-3 i art. 32 konstytucji, a także z art. 22 ust. 2 oraz art. 27 w związku z art. 15 ust. 3 Konkordatu między Stolicą Apostolską i Rzeczpospolitą Polską, podpisanego w Warszawie dnia 28 lipca 1993 r.
W opinii Trybunału Konstytucyjnego nie ma podstaw do stwierdzenia niezgodności zaskarżonych ustaw z konstytucyjną zasadą bezstronności władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych. Uczelnie dotowane na podstawie tych ustaw kształcą nie tylko duchownych, ale także osoby świeckie, a otrzymane dotacje państwowe wiążą się z realizacją określonych zadań w zakresie kształcenia studentów na kierunkach uznanych przez państwo oraz prowadzeniem badań naukowych na identycznych zasadach jak na uczelniach publicznych. Trybunał uwypuklił, że zasada bezstronności wymaga ustanowienia regulacji ustawowych zapewniających dostęp do dotacji państwowych wszystkim kościołom i związkom wyznaniowym prowadzącym szkoły wyższe, które spełnią obiektywne kryteria ustanowione w ustawie.
Ponadto Trybunał stwierdził, że dotacje dla uczelni kościelnych nie ograniczają autonomii i niezależności Kościoła Katolickiego w jego zakresie działania. Nie ograniczają również autonomii i niezależności państwa od Kościoła w sferze właściwej państwu. Stanowią jedną z możliwych form realizacji przez państwo ciążących na nim zadań publicznych w zakresie szkolnictwa wyższego i urzeczywistniają konstytucyjne prawo dostępu do szkolnictwa.
