Trybunał Konstytucyjny orzekł, że:
1. Art. 31 ust. 1 pkt 2 ustawy z dnia 18 grudnia 1998 r. o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w brzmieniu obowiązującym do dnia 26 maja 2010 r., tj. przed wejściem w życie ustawy z dnia 18 marca 2010 r. o zmianie ustawy o Instytucie Pamięci Narodowej – Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu oraz ustawy o ujawnianiu informacji o dokumentach organów bezpieczeństwa państwa z lat 1944-1990 oraz treści tych dokumentów, jest niezgodny z art. 2, art. 32 ust. 1, art. 47 oraz art. 51 ust. 3 i 4 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
2. Art. 31 ust. 2 zdanie drugie oraz art. 32 ust. 2 ustawy z 18 grudnia 1998 r. powołanej w punkcie 1, w brzmieniu tam wskazanym, są niezgodne z art. 2 oraz art. 78 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
3. Art. 32 ust. 4 i 5 ustawy z 18 grudnia 1998 r. powołanej w punkcie 1, w brzmieniu tam wskazanym, jest niezgodny z art. 45 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
4. Art. 32 ust. 6 ustawy z 18 grudnia 1998 r. powołanej w punkcie 1, w brzmieniu tam wskazanym, jest niezgodny z art. 32 ust. 1, art. 45 ust. 1 i art. 78 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
5. Art. 32 ust. 8 ustawy z 18 grudnia 1998 r. powołanej w punkcie 1, w brzmieniu tam wskazanym, jest niezgodny z art. 32 ust. 1 oraz art. 45 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 konstytucji.
Trybunał Konstytucyjny na wstępie przypomniał, że 27 maja 2010 r. weszła w życie ustawa z 18 marca 2010 r. o zmianie ustawy o IPN. Na skutek zmian wprowadzonych przez art. 1 pkt 9 lit. a) i b) i pkt 10 ustawy nowelizującej z 18 marca 2010 r., art. 30 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 1 i 2 oraz art. 32 ust. 1 ustawy o IPN otrzymały nowe brzmienie. Ustawa nadała także nową numerację dotychczasowym ustępom 2-8 art. 32. Ustawa nowelizująca nie zawiera żadnych, z wyjątkiem przepisu o wejściu w życie ustawy, przepisów intertemporalnych, umożliwiających orzekanie przez sądy administracyjne na podstawie nowej regulacji ustawowej w stosunku do poddanych ich kontroli decyzji sprzed daty wejścia w życie nowelizacji. Zgodnie z obowiązującą procedurą sąd administracyjny bada czy decyzja administracyjna jest zgodna z prawem obowiązującym w dniu jej wydania. W związku z tym Trybunał uznał za konieczne, dla ochrony konstytucyjnych wolności i praw osób będących skarżącymi w postępowaniach przed pytającymi sądami, objęcie kontrolą konstytucyjności, zakwestionowanych przez NSA i WSA w Warszawie, przepisów zgodnie z art. 39 ust. 3 ustawy o Trybunale Konstytucyjnym, w brzmieniu tych przepisów obowiązującym do dnia 26 maja 2010 r.
Ponadto, TK przypomniał, że ocena konstytucyjności zakwestionowanych w pytaniach prawnych sądów przepisów nie może być prowadzona z pominięciem i w oderwaniu od dotychczasowego orzecznictwa TK wydanego w związku z badaniem konstytucyjności ustawy o IPN oraz ustaw lustracyjnych, a także wywiedzionego w orzecznictwie Trybunału rozumienia niektórych ustawowych definicji i pojęć. Jest to tym bardziej konieczne, że rozstrzygnięcia i argumentacja leżąca u podstaw wyroków w sprawie sygn. K 2/07 i poprzedzającego go wyroku sygn. akt K 31/04, zachowują aktualność i adekwatność w niniejszej sprawie. Stwierdzenie przez Trybunał Konstytucyjny niekonstytucyjności art. 30 ust. 2 pkt 2 ustawy o IPN (wyrok TK z 11 maja 2007 r., sygn. akt K 2/07), spowodowało usunięcie tego przepisu z porządku prawnego z dniem ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw, co nastąpiło 15 maja 2007 r.
Zakwestionowany w pytaniach prawnych NSA i WSA w Warszawie, art. 31 ust. 1 pkt 1 ustawy o IPN ma charakter proceduralny i określa w istocie formę, w jakiej następuje odmowa uwzględnienia wniosku o udostępnienie do wglądu dokumentów. Zgodnie jednak z utrwalonym orzecznictwem, przepis ten stanowi – pomimo swojego proceduralnego charakteru – materialnoprawną podstawę decyzji o odmowie udostępnienia kopii wskazanych w nim dokumentów. Konstytucja gwarantuje każdemu prawo dostępu do dokumentów go dotyczących, żądania sprostowania i usunięcia informacji nieprawdziwych, niepełnych lub zebranych w sposób sprzeczny z ustawą, czy wreszcie do ochrony życia prywatnego, rodzinnego i dobrego imienia. Ograniczenie prawa dostępu "każdego" do dotyczących go urzędowych dokumentów i zbiorów danych może mieć miejsce jedynie w drodze regulacji ustawowej. Ograniczenia konstytucyjnego prawa dostępności do dokumentów muszą znajdować uzasadnienie w zasadzie proporcjonalności.
Trybunał Konstytucyjny podkreślił, że starannej realizacji dyrektyw wynikających z zasad przyzwoitej legislacji trzeba wymagać od ustawodawcy zwykłego zwłaszcza przy reglamentacji prawnej tych sfer, które dotyczą praw i wolności obywateli i mogą łączyć się ze szczególnymi dla nich uciążliwościami. Nakaz przestrzegania przez ustawodawcę zasad poprawnej legislacji jest funkcjonalnie związany z zasadami pewności i bezpieczeństwa prawnego oraz ochrony zaufania do państwa i prawa. Trybunał Konstytucyjny uznał, że redakcja kontrolowanego przepisu art. 31 ust. 1 pkt 2 ustawy o IPN jest w takim stopniu niejasna i nieprecyzyjna, że w konsekwencji utraty – z dniem 15 maja 2007 r. – mocy obowiązującej przez art. 30 ust. 2 pkt 2 ustawy o IPN, mógł on być wykorzystywany – wbrew istocie tej regulacji – jako materialnoprawna podstawa decyzji o odmowie udostępnienia dokumentów znajdujących się w zasobach IPN osobom uprawnionym. Trybunał stwierdził, że kontrolowany przepis jest niezgodny z art. 2, 32 ust. 1 art. 47, art. 51 ust. 3 i 4 w zw. z art. 31 ust. 3 konstytucji.
Zakwestionowane przez NSA przepisy: art. 31 ust. 2 zdanie 2 oraz art. 32 ust. 2, 4, 5, 6 i 8 ustawy o IPN, mają charakter proceduralny i regulują tryb postępowania dotyczący udostępnienia dokumentów przez IPN i sądowej kontroli decyzji tego organu administracji publicznej. Odmowa uwzględnienia wniosku, w stosunku do osób, o których mowa w art. 30 ust. 1 i art. 30 ust. 2 pkt 1 ustawy o IPN odbywa się w trybie i na zasadach określonych w przepisach proceduralnych – art. 31 ust. 2 zdanie 2 i art. 32 ust. 2. Art. 32 ust. 4-6 reguluje postępowanie przed WSA wszczęte na skutek skargi na decyzję organu administracji. Natomiast art. 32 ust. 8 ustawy o IPN dotyczy postępowania kasacyjnego przed NSA. Art. 31 ust. 2 zdanie 2 ustawy o IPN przewiduje możliwość odstąpienia przez organ IPN od uzasadnienia decyzji o odmowie udostępnienia do wglądu kopii dokumentów lub ograniczenie tego uzasadnienia ze względów wskazanych w tym przepisie. Analogicznie art. 32 ust. 2 reguluje możliwość odstąpienia lub ograniczenia uzasadnienia decyzji wydanej przez organ odwoławczy (Prezesa IPN). Trybunał Konstytucyjny podzielił zarzut NSA, że uzasadnienie decyzji, tak faktyczne, jak i prawne, stanowi niezbędny element prawa jednostki do prawidłowego zaskarżenia decyzji administracyjnej. Brak uzasadnienia faktycznego, czy to w całości, czy w części, powoduje, że strona postępowania, która chce skorzystać z prawa do jej zaskarżenia pozbawiona zostaje rzeczywistej możliwości obrony swoich praw. Naruszenie tego prawa jest niezgodne z art. 78 konstytucji.
Art. 32 ust. 4 i 5 ustawy o IPN statuuje zasadę rozpoznania skargi na decyzję Prezesa IPN o odmowie udostępnienie do wglądu kopii dokumentów dotyczących wnioskodawcy, na posiedzeniu niejawnym. Powoduje to, ze jawność postępowania – o której mowa w art.. 45 ust. 1 konstytucji – zostaje wyłączona nie tylko dla publiczności, ale przede wszystkim dla stron tego postępowania.
Trybunał Konstytucyjny powtórzył znaczenie konstytucyjnych standardów sprawiedliwego postępowania sądowego. Sprawiedliwość proceduralna należy do istoty konstytucyjnego prawa do sądu, albowiem prawo to bez zachowania standardu rzetelności postępowania byłoby fasadowe. Przypomniał także, że gwarancje konstytucyjne prawa do sądu obejmują m.in. prawo do odpowiedniego ukształtowania procedury sądowej, zgodnie z wymogami sprawiedliwości i jawności. Sprawiedliwa procedura sądowa powinna zapewniać stronom uprawnienia procesowe stosowne do przedmiotu prowadzonego postępowania. Zgodnie z wymogami rzetelnego procesu uczestnicy postępowania muszą mieć realną możliwość przedstawienia swych racji, a sąd ma obowiązek je rozważyć.
W rozpatrywanej sprawie, ograniczenie prawa do wysłuchania jest skumulowane, ze względu na ograniczenie, jakie wynika z wyłączenia stosowania art. 106 § 2 prawa o postępowaniu przed sądami administracyjnymi, które powiązane jest w rzeczywistości z uprzednim brakiem możliwości zapoznania się z uzasadnieniem decyzji Prezesa IPN, jeżeli ten skorzysta z przysługującego mu prawa odmowy jego sporządzenia. Sprawiedliwość proceduralna nakłada obowiązek wprowadzania takich mechanizmów postępowania, które zapewniałyby przejrzystość postępowania. W kontekście rozpoznawanej sprawy instrumentem takim pozostaje obowiązek uzasadnienia wyroku.
W poddanych kontroli konstytucyjności regulacjach, naruszenie art. 45 ust. 1 ściśle wiąże się z naruszeniem konstytucyjnej zasady równości wobec prawa. Ustawodawca, wyłączając lub ograniczając rodzaje i zakres dostępnych proceduralnie środków obrony praw i interesów wobec jednej strony postępowania, i uprzywilejowując jedną tylko stronę poprzez umożliwienie jej skorzystania, z szerszego zakresu dostępnych środków, wprowadził istotne zróżnicowanie w zakresie konstytucyjnego prawa do sądu. Trybunał stwierdził, że ograniczenia zawarte w art. 32 ust. 6 i 8 ustawy o IPN, odmawiające prawa do uzasadnienia osobie, której postępowanie dotyczy, a przyznające prawo do uzasadnienia wyroku, niezależnie od kierunku rozstrzygnięcia, tylko jednej stronie tego samego postępowania sądowoadministracyjnego – Prezesowi IPN, nie spełnia kryteriów pozwalających na stwierdzenie, że "równość broni" została zachowana. Trybunał podzielił również pogląd NSA, że wyłączania praw zawarte w zakwestionowanych przepisach, i wynikające z tego faktu ograniczenia, nie znajdują oparcia w art. 31 ust. 3 konstytucji. Uprzywilejowanie zaś jednej ze stron postępowania nie jest podyktowane celami, o których mowa w art. 31 ust. 3 konstytucji i jest niezgodne z art. 32 ust. 1 i art. 45 ust. 1 konstytucji.