Sprawa trafiła do Naczelnego Sądu Administracyjnego, który – po przekazaniu sprawy do rozpoznania przez skład siedmioosobowy – orzekł, że
Spółka komandytowa powstała w wyniku przekształcenia spółki cywilnej, której wspólnicy prowadzili działalność gospodarczą na podstawie udzielonego im zezwolenia na prowadzenie apteki, o jakim mowa w art. 99 ust. 4 ustawy z dnia 6 września 2001 r. – Prawo farmaceutyczne (tekst jednolity Dz. U. z 2008 r., Nr 45, poz. 271) pozostaje, w rozumieniu art. 553 § 2 ustawy z dnia 15 września 2000 r. – Kodeks spółek handlowych (Dz. U. Nr 94, poz. 1037 ze zm.), podmiotem tego zezwolenia.
Uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 14 stycznia 2009 roku, sygn. akt II GPS 6/08
Naczelny Sąd Administracyjny w swoim uzasadnieniu przypomniał, że spółka cywilna nie jest ani podmiotem prawa ani też przedsiębiorcą, a jedynie umową zobowiązaniową między wspólnikami. Zezwolenie na prowadzenie apteki może być udzielone osobie fizycznej, osobie prawnej lub niemającej osobowości prawnej spółce prawa handlowego. Spółka cywilna nie mieści się w żadnej z tych kategorii. Dodatkowo zezwolenie jest ściśle związane z podmiotem, któremu zostało udzielone, nie może zatem być wniesione jako wkład wspólnika i stać się składnikiem majątku wspólnego.
Spółka cywilna może zostać przekształcona w spółkę prawa handlowego, niekoniecznie w spółkę jawną – zgodnie z art. 551 § 2 k.s.h.. W takiej sytuacji należy odpowiednio stosować przepisy, które dotyczą przekształcenia spółki jawnej w inną spółkę handlową, zaś do skutków przekształcenia stosuje się art. 26 § 5 k.s.h, który stanowi, że "Spółce tej przysługują wszystkie prawa i obowiązki stanowiące majątek wspólny wspólników. Przepisy art. 553 § 2 i 3 stosuje się odpowiednio". Natomiast zgodnie z art. 553 § 2 k.s.h. "Spółka przekształcona pozostaje podmiotem w szczególności zezwoleń, koncesji oraz ulg, które zostały przyznane spółce przed jej przekształceniem, chyba, że ustawa lub decyzja o udzieleniu zezwolenia, koncesji albo ulgi stanowi inaczej".
"Odpowiednie" stosowanie oznacza, że przepis należy stosować albo wprost, albo z pewnymi modyfikacjami, albo wcale. Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że w tej sytuacji wyłączyć należy stosowanie przepisów "wprost", ponieważ spółce cywilnej – z braku podmiotowości – nie mogą przysługiwać zezwolenia itp. Dlatego też Naczelny Sąd Administracyjny stanął na stanowisku, że przepis art. 553 § 2 k.s.h. trzeba stosować z pewną modyfikacją. Zmiana ma polegać na zastąpieniu wyrazów "spółce przed jej przekształceniem" wyrazami "wspólnikom spółki cywilnej przed jej przekształceniem". Celem wspomnianych przepisów jest zachęcenie wspólników spółek cywilnych, by przekształcali je w spółki prawa handlowego. Temu służy zasada kontynuacji, zgodnie, z którą spółce jawnej przysługują wszystkie prawa i obowiązki stanowiące majątek wspólny wspólników. Skoro realizacja celu ustawy wymagała ustanowienia zasady kontynuacji w sferze cywilnoprawnej to należy uznać, że wspomniana zasada powinna mieć zastosowanie także w odniesieniu do uprawnień o charakterze publicznoprawnym. W przeciwnym wypadku wspólnicy musieliby po przekształceniu podejmować zabiegi w celu uzyskania zezwolenia, tym razem już "na spółkę".
Wreszcie Naczelny Sąd Administracyjny wskazał także i to, że ustawa z 6 września 2001 roku – Prawo farmaceutyczne (Dz. U. z 2008 roku, Nr 45 poz. 271 ze zm.) nie przewiduje zmiany formy prawnej, w jakiej prowadzona jest apteka, jako przyczyny cofnięcia lub wygaśnięcia zezwolenia.
