Projekt nowelizacji wprowadza nową instytucję szczególnej ochrony skazanych. Objęci nią zostaną wszyscy skazani, uczestniczący jako oskarżeni, świadkowie lub pokrzywdzeni w takim postępowaniem karnym, które niesie dla nich poważne zagrożenie życia lub zdrowia. Szczególna ochrona polegać będzie na przeprowadzaniu wzmożonej kontroli stanu zdrowia skazanego, objęciu go wzmożoną opieką psychologiczną, przeprowadzaniu jego kontroli osobistej i kontroli cel i wszystkich innych pomieszczeń, w których przebywa, a także przeprowadzaniu stałego nadzoru i cenzury jego korespondencji oraz wzmożonego dozoru ograniczonej liczby widzeń i kontroli rozmów telefonicznych. W trakcie pobytu w zakładzie karnym szczególnie chronieni skazani będą przeszukiwani przy każdym opuszczaniu oddziału mieszkalnego i po powrocie do niego. Tym samym kontrola osobista, czy też kontrola celi nie będzie uzależniona od wystąpienia ogólnych przesłanek, o których mowa w art. 116 § 2 Kodeksu karnego wykonawczego – wchodzi tu o wypadki uzasadnione względami porządku lub bezpieczeństwa, ale będzie wykonywana systematycznie i niezależnie od zachowania skazanego. Również jego korespondencja, bez względu na rodzaj jednostki penitencjarnej, w której przebywa będzie poddana stałemu nadzorowi i cenzurze.
W projekcie przewidziano dodatkową możliwość umieszczenia szczególnie chronionego skazanego w wyznaczonym oddziale lub celi zakładu karnego typu zamkniętego i poddania jego zachowania stałemu monitoringowi kamer. Decyzję o umieszczeniu osadzonego w takich szczególnych warunkach podejmować będzie dyrektor zakładu karnego. Skazanym szczególnie chronionym umożliwi się dodatkowo fakultatywne skorzystanie z ochrony osobistej, gwarantowanej ustawą o świadku koronnym. Mając jednak na względzie obostrzenia wynikające ze stosowania takiej ochrony, a znajdujące swoje odzwierciedlenie w zindywidualizowanym programie ochrony, dla przykładu – zakaz otrzymywania paczek, ograniczenie lub uniemożliwienie utrzymywania kontaktu z rodziną – zgodnie z regulacjami wynikającymi z ustawy o świadku koronnym, możliwość skorzystania z tej formy ochrony uzależnia się wprost od zgody skazanego.
W projekcie określono, że status skazanego szczególnie chronionego można będzie uzyskać albo na wniosek właściwego sądu lub prokuratora, albo na wniosek samego skazanego. W przypadku wniosku złożonego przez osadzonego, dyrektor zakładu karnego przed podjęciem decyzji o objęciu szczególną ochroną będzie zasięgał opinii organu prowadzącego postępowanie karne. Istotnym jest to, że decyzja dyrektora jednostki penitencjarnej o objęciu danego skazanego szczególną ochroną, będzie mogła zostać zaskarżona przez skazanego do sądu penitencjarnego, w oparciu o art. 7 Kodeksu karnego wykonawczego.
Szczególna ochrona udzielana będzie na czas określony. Wnioskodawca zobowiązany został do określenia przewidywanego czasu ochrony, a także do podania przyczyn objęcia skazanego szczególną kontrolą. W razie istnienia zagrożenia po upływie tego terminu, szczególną ochronę będzie można przedłużyć, ale z zastosowaniem procedur przewidzianych dla pierwszej decyzji. Przewidziano obowiązek cofnięcia szczególnej ochrony w razie ustania przyczyn dla których skazanego objęto tą ochroną. Założono, że czas stosowania szczególnych warunków osadzenia uzależniony będzie od wniosku właściwego organu prowadzącego postępowanie karne albo wniosku samego skazanego – tym samym będzie on mógł być modyfikowany w zależności od stopnia zagrożenia dla skazanego. Wniosek skazanego zostanie poddany ocenie właściwego organu prowadzącego postępowanie karne.
Ponadto projektodawca przewidział, że szczególna ochrona udzielona skazanemu stosowana jest także w przypadku przeniesienia takiego skazanego do innego zakładu karnego. Dyrektor zakładu karnego, w którym skazany przebywa, będzie informował dyrektora zakładu karnego do którego skazany zostanie przeniesiony o objęciu go szczególną ochroną oraz o dotychczasowych warunkach osadzenia i przyczynach jego zastosowania. W ten sposób zapewniona zostanie ciągłość ochrony bezpieczeństwa osobistego skazanego. W przypadku przeniesienia skazanego do innego zakładu karnego obowiązywać będzie decyzja o objęciu go szczególną ochroną wydana w poprzednim zakładzie. Dyrektor zakładu karnego, do którego przeniesiony został taki skazany nie będzie musiał wydawać nowej decyzji w tym zakresie. Nie będzie, więc wymagany kolejny wniosek właściwych organów w zakresie ewentualnej kontynuacji tej szczególnej ochrony. Do jego obowiązków będzie należało jedynie powiadomienie właściwego miejscowo sędziego penitencjarnego. Będzie on jednak mógł cofnąć szczególną ochronę udzieloną skazanemu, jeżeli w tym nowym zakładzie ustaną przyczyny, dla których był on objęty tą ochroną.
