W Polsce rozpoczęły się one od dnia 1 stycznia 2009 r., przy czym dochodzenie do pełnego zakresu tych kontroli zostało podzielone na 3 etapy. Na pierwszym z nich kontrolowano tylko zagadnienia związane z ochroną środowiska naturalnego oraz identyfikacją i rejestracją zwierząt gospodarskich takich jak bydło, świnie, owce i kozy. Ochronę środowiska kontrolują pracownicy Agencji Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, natomiast kontrolą identyfikacji i rejestracji zwierząt gospodarskich zajmuje się inspekcja weterynaryjna. Od dnia 1 stycznia 2011 r. rozpoczną się kontrole przewidziane dla drugiego etapu i zostaną one rozszerzone o badanie wymogów dotyczących zdrowia zwierząt gospodarskich, zdrowotności roślin oraz ich wpływu na stan zdrowia publicznego. W trzecim etapie, który rozpocznie się 1 stycznia 2013, zakres kontroli zostanie jeszcze zwiększony m.in. o badanie "dobrostanu zwierząt". Wprowadzenie "Wymogów wzajemnej zgodności" wynika z przepisów Unii Europejskiej i są one jednakowe we wszystkich krajach wspólnoty. Dzięki temu, dany produkt żywnościowy, wyprodukowany na terenie Unii Europejskiej, niezależnie od kraju producenta, powinien spełniać te same "Wymogi wzajemnej zgodności" a co za tym idzie być takiej samej jakości.
Rozpoczynające się od dnia 1 stycznia 2011 r. kontrole w gospodarstwach rolników m.in. pod kątem przestrzegania "zdrowotności roślin", będą dotyczyły np. tego czy rolnik używa odpowiednich środków ochrony roślin, czyli dopuszczonych do obrotu i czy są one stosowane w odpowiednich dawkach, zgodnie z instrukcją producenta. Badane będzie także, czy sprzęt stosowany do wykonywanie prac związanych z ochroną roślin jest sprawny technicznie. Rolnicy muszą pamiętać o tym, że stan techniczny opryskiwaczy, stosowanych do prowadzenia zbiegów ochrony roślin, ma być kontrolowany co trzy lata, a potwierdzeniem ich dopuszczenia do wykonywania takich prac, będzie specjalna naklejka umieszczana na opryskiwaczu. Sprawdzane będzie również, w jaki sposób przechowywane są środki ochrony roślin. Rolnicy muszą zadbać o to, aby znajdowały się one z dala od żywności i pasz oraz były niedostępne dla osób nieupoważnionych. Kontrolowane będą również uprawnienia osób zajmujących się ochroną roślin. Ważne jest, aby osoba, która prowadzi zabiegi ochronne miała do tego odpowiednią wiedzę potwierdzoną stosownym zaświadczeniem o ukończeniu szkolenie w takim zakresie. Termin ważności takiego dokumentu wynosi pięć lat. Ponadto sprawdzane będą również zasady stosowania produktów biobójczych. Kontrolowana będzie również ewidencja stosowania takich środków. W przyszłym roku będzie również sprawdzany sposób postępowania z niebezpiecznymi odpadami, którymi są np. opakowania po stosowanych środkach chemicznych. Rolnicy są zobligowani tak postępować z substancjami oraz odpadami niebezpiecznymi, aby zapobiegać zanieczyszczeniu nimi produktów wytwarzanych w gospodarstwie. Badane będzie również, czy wdrożone zostały zalecenia wynikające z przeprowadzonych wcześniej kontroli urzędowych.
Ponadto, sprawdzeniu podlegało będzie także, czy w gospodarstwach zajmujących się hodowlą zwierząt nie są stosowane niektóre związki o działaniu hormonalnym, tyreostatycznym i beta-agonistycznym. Związki te są bowiem stymulatorami wzrostu i powodują znaczny wzrost masy ciała zwierząt hodowlanych. Dlatego ich stosowanie jest w zasadzie zabronione. Wyjątek stanowi używanie takich substancji do leczenia chorób zwierząt pod ścisłą kontrolą lekarza weterynarii.
Rolnicy działający na rynku żywności i pasz będą musieli także spełnić wymogi związane z zachowaniem bezpieczeństwa tych produktów. Chodzi o to, aby zapewnić pełne bezpieczeństwo danych produktów na każdym etapie ich wytwarzania. W każdym gospodarstwie bardzo ważne jest prowadzenie dokumentacji i zapisów dotyczących produkcji żywności i pasz, które pozwalają zidentyfikować pochodzenie produktu oraz umożliwiają sprawdzenie, czy pasza, żywność bądź surowce wytworzone w gospodarstwie, przeznaczone do dalszego przetwórstwa, nie stanowią zagrożenia dla zdrowia ludzi i zwierząt.
Od dnia 1 stycznia 2011 r. będzie też sprawdzane to, w jaki sposób rolnicy wywiązują się z obowiązku zapobiegania, kontroli i zwalczania niektórych przenośnych encefalopatii. Chodzi o to, aby wprowadzić takie mechanizmy, które uchronią bydło przed gąbczastą encefalopatią (BSE), zwaną też potocznie "chorobą szalonych krów", która jest chorobą śmiertelną. Z racji tego, że najbardziej prawdopodobną przyczyną zakażenia jest żywienie bydła paszą zawierająca mączkę mięsno-kostną wyprodukowaną z bydła chorego na BSE – w celu wykluczenia ryzyka zakażenia bydła, należy całkowicie wyeliminować z ich żywienia pasze, zawierające białko pochodzenia zwierzęcego. Rolnicy w przyszłym roku będą też zobowiązani do zgłaszania chorób zakaźnych zwierząt i wprowadzania instrumentów zapobiegających ich wybuchowi.
