Natomiast w przypadku skorygowania zeznania podatkowego, nadpłata podlega zwrotowi w terminie 3 miesięcy od dnia jej skorygowania przez podatnika. Warto wiedzieć o tym, że nadpłaty, których wysokość nie przekracza wysokości kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, podlegają z urzędu zaliczeniu na poczet zaległych lub bieżących zobowiązań podatkowych, a w przypadku ich braku – na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych, chyba, że podatnik wystąpi o ich zwrot. W sprawach zaliczenia nadpłat na poczet zaległych oraz bieżących zobowiązań podatkowych Naczelnik Urzędu Skarbowego wydaje postanowienie, na które służy zażalenie. Zgodnie z art. 77b § 1 ustawy Ordynacja podatkowa zwrot nadpłaty następuje w jednej z dwóch form:
- na wskazany rachunek bankowy podatnika obowiązanego do posiadania rachunku bankowego,
- w gotówce, jeżeli podatnik nie jest obowiązany do posiadania rachunku bankowego, chyba, że zażąda zwrotu nadpłaty na rachunek bankowy, jeżeli został on podany przez niego na zgłoszeniu identyfikacyjnym / aktualizacyjnym – część B.7 na formularzu NIP-3 lub NIP-1.
Zwrot nadpłaty w gotówce urząd skarbowy realizuje:
- w formie przekazu pocztowego lub
- wypłaty z kasy urzędu skarbowego lub z kasy banku lub innej instytucji, z którą urząd skarbowy zawarł umowę na świadczenie usług w zakresie obsługi kasowej.
Z kolei nadpłata, której wysokość nie przekracza kosztów upomnienia w postępowaniu egzekucyjnym, podlega zwrotowi wyłącznie w kasie. Podatnik, który nie jest zobligowany do posiadania rachunku bankowego, w tym nie prowadzący ksiąg rachunkowych lub podatkowych, ma prawo wyboru formy zwrotu nadpłaty podatku między bezgotówkową, a gotówkową.
Przed zwrotem nadpłaty podatnik powinien wskazać, czy zwrot ma być dokonany w kasie, na rachunek bankowy czy też przekazem pocztowym. W przypadku:
- zwrotu przekazem pocztowym – nadpłata pomniejszana jest o koszty jej zwrotu,
- zwrotu w kasie urzędu / banku – konieczne jest osobiste stawienie się w wyznaczonym przez urząd miejscu i czasie do odbioru nadpłaty,
- zwrotu na rachunek bankowy podatnika – konieczne jest złożenie informacji na druku NIP o aktualnym numerze rachunku bankowego.