NIK wskazuje na kilka przyczyn tego stanu rzeczy. Żadna ze skontrolowanych gmin nie prowadziła skutecznego nadzoru nad właścicielami nieruchomości, których obowiązkiem jest wywóz nieczystości ze zbiorników bezodpływowych (połowa gmin nie prowadziła ewidencji zbiorników oraz przydomowych oczyszczalni, a co piąta robiła to nierzetelnie). Większość gmin (71 proc.) nie podejmowała żadnych działań, by wyegzekwować od mieszkańców usuwanie nieczystości zgodnie z przepisami. W co piątej wysyłano do właścicieli jedynie wezwania do okazania umów i dowodów opłat za wywóz nieczystości. Jeżeli już prowadzono kontrole na miejscu, to skutki tych działań były mizerne. Urzędnicy gminni lub strażnicy miejscy w przypadku ujawnienia nieprawidłowości ograniczali się zazwyczaj do pouczeń, natomiast rzadko wszczynali postępowania kończące się grzywną lub sprawą sądową. Przykładowo w Zielonej Górze, gdzie w przypadku 126 nieruchomości stwierdzono brak umów, a osiem budynków w ogóle nie było wyposażonych w instalacje do odbioru ścieków, wydano 115 pouczeń, wystawiono 10 mandatów i wszczęto jedno postępowanie sądowe. Wskutek braku zdecydowanych działań ze strony gmin powstała sytuacja, w której opłacało się nielegalnie wprowadzać ścieki do środowiska. Każda forma ich legalnego usuwania wiąże się bowiem z koniecznością poniesienia kosztów. Cena odebrania 1 m3 ścieków systemem kanalizacji wynosiła około 6 zł, zaś wywiezienie wozem asenizacyjnym 12-40 zł.NIK zwraca także uwagę, że wójtowie nie radzili sobie z nadzorem nad przedsiębiorcami świadczącymi usługi wywozu nieczystości. Aż w 90 proc. skontrolowanych gmin firmy w ogóle nie sporządzały i nie przekazywały do urzędów wykazów umów na opróżnianie zbiorników. W większości gmin (65 proc.) odnotowano przypadki, gdy przedsiębiorcy nie dostarczali rocznych informacji o ilości odebranych nieczystości. W tej sytuacji urzędnikom po prostu brakowało niezbędnych informacji do rzetelnego zarządzania gospodarką ściekową na swoim terenie. Gminy np. praktycznie nie organizowały zastępczego wywozu nieczystości. Brak należytego nadzoru nad firmami potęgował więc ryzyko nielegalnego wprowadzania ścieków do środowiska.
Gminy lepiej radziły sobie z przygotowaniem infrastruktury do odbierania i oczyszczania ścieków. Wszystkie podejmowały działania w celu budowy lub rozbudowy oczyszczalni. Wprawdzie tylko połowa z nich posiada obecnie możliwość przyjęcia i oczyszczenia wytworzonych na swoim terenie nieczystości, ale w żadnej nie stwierdzono przypadku odmowy przyjęcia ścieków przez stację zlewną. Nawet niewielkie oczyszczalnie dysponowały rezerwami przepustowości.
To się może jednak zmienić wraz ze skuteczniejszym egzekwowaniem od właścicieli nieruchomości obowiązku wywozu nieczystości. Zwiększenie ilości ścieków dowożonych taborem asenizacyjnym może przeciążyć istniejące oczyszczalnie. NIK wskazuje, że w tej sytuacji dobrym rozwiązaniem byłaby równoczesna rozbudowa kanalizacji na terenach miejskich oraz dofinansowanie budowy przydomowych oczyszczalni na terenach o rozproszonej zabudowie. Tak zrobiono np. w gminie Małomice (woj. Lubuskie), gdzie liczba osób nieposiadających dostępu do oczyszczalni ścieków (gminnej lub przydomowej) zmniejszyła się w ciągu dwóch lat z 63 do 14 proc.
