Przepisy ustawy stanowią, że kwota akcyzy do zwrotu stanowi różnicę kwoty akcyzy obliczonej zgodnie z zasadami obowiązującymi przed 1 grudnia 2006 r. oraz kwoty podatku akcyzowego obliczanego według stawki akcyzy – 13,6 % dla samochodów osobowych o pojemności silnika powyżej 2000 cm3 oraz 3,1% dla pozostałych, z uwzględnieniem wartości rynkowej pojazdu. Ustawa ta ma zastosowanie nie tylko do postępowań wszczynanych po jej wejściu w życie – dotyczących stwierdzenia nadpłaty w podatku akcyzowym zapłaconym z tytułu nabycia wewnątrzwspólnotowego albo importu samochodu osobowego od dnia 1 maja 2004 r. do 30 listopada 2006 r., ale również do postępowań zakończonych oraz już wszczętych a nie zakończonych. Podatnicy, którzy otrzymali już zwrot nadpłaty na podstawie przepisów ustawy Ordynacja podatkowa, a otrzymana kwota zwrotu jest niższa niż wynika to z obliczeń na podstawie niniejszej ustawy, mogą ubiegać się o zwrot części kwoty akcyzy, która nie została zwrócona.
Ponadto ustawa wprowadza korzystniejsze od dotychczas obowiązujących zasady wyliczania odsetek od dokonywanych zwrotów nadpłat. W aktualnie obowiązujących przepisach Ordynacji podatkowej odsetki są naliczane od dnia złożenia wniosku o zwrot akcyzy wraz z korektą deklaracji, natomiast regulacje zawarte w tej ustawie przewidują naliczanie odsetek od dnia powstania nadpłaty. Należy podkreślić, iż podatnikom, którzy złożyli lub złożą wnioski o zwrot nadpłaty w okresie od 1 maja 2004 r. do 30-ego dnia po wejściu w życie niniejszej ustawy oprocentowanie zwracanej kwoty będzie przysługiwało od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu. Natomiast podatnicy, którzy złożą wniosek o zwrot po upływie 30 dni od dnia wejścia w życie ustawy, otrzymają odsetki od nadpłaconej kwoty liczone od dnia powstania nadpłaty do 30-ego dnia po wejściu w życie ustawy. Podatnicy, którzy nie otrzymali odsetek od nadpłaconej kwoty lub otrzymali odsetki w kwocie niższej niż wynika to z zapisów niniejszej ustawy mogą się ubiegać o zwrot należnych odsetek, jeśli w ciągu 30 dni od dnia wejścia w życie ustawy złożą wniosek o wznowienie postępowania.
Ustawa o zwrocie nadpłaty w podatku akcyzowym zapłaconym z tytułu nabycia wewnątrzwspólnotowego albo importu samochodu osobowego wprowadza zmiany do ustawy z dnia 23 stycznia 2004 r. o podatku akcyzowym, które polegają na możliwości określenia podstawy opodatkowania przez organ podatkowy lub organ kontroli skarbowej w wysokości wartości rynkowej samochodu osobowego, zarejestrowanego na terytorium kraju, kiedy wysokość podstawy opodatkowania w przypadku sprzedaży na terytorium kraju albo nabycia wewnątrzwspólnotowego samochodu osobowego, bez uzasadnionej przyczyny, znacznie odbiega od średniej wartości rynkowej tego samochodu. Weryfikacja podstawy opodatkowania dotyczyć będzie sytuacji, gdy obowiązek podatkowy powstanie po wejściu w życie niniejszej ustawy.
