W zakresie organizacji Agencji Rynku Rolnego i prowadzenia przez Agencję gospodarki finansowej wskazane jest doprecyzowanie statusu prawnego Agencji poprzez określenie, że Agencja jest państwowa osobą prawną. Projektowany pkt 3a ma na celu ustanowienie Agencji jednostką prowadząca działania promocyjne produktów informacyjne dotyczące produktów spożywczych. Uregulowanie takie jest ważne z punktu widzenia rosnącej potrzeby rozwiązywania problemów ze zbytem produktów rolnych. W warunkach coraz silniejszej konkurencji będącej pod wpływem różnych regulacji i mechanizmów bezpośredniego wsparcia produkcji poszczególnych grup produktów istotnym jest wypracowanie sposobów stymulowania właściwej proporcji popytu i podaży o bardziej prorynkowym charakterze. Warunki takie spełnia promocja oraz informowanie o produktach, będące poszerzeniem już istniejących na wolnym rynku mechanizmów.
W projekcie ustawy zmianie ulega zakres zadań realizowanych przez ARR na tym rynku. Zgodnie z przepisami art. 17 rozporządzenia Rady (WE) nr 479/2008 z dnia 29 kwietnia 2008 r. w sprawie wspólnej organizacji rynku wina, uchylającym rozporządzenia (EWG) nr 2392/86 i (WE) nr 1493/1999 oraz zmieniającym rozporządzenia (WE) nr 3/2008, (WE) nr 1782/2003 i (WE) nr 1290/2005. – Agencja Rynku Rolnego nie będzie mogła realizować zadań w zakresie udzielania wsparcia z budżetu UE. Środki z budżetu UE, które mogą być stosowane w ramach wspólnej organizacji rynku wina zostały ukierunkowane na ograniczenie potencjału produkcyjnego produkujących państwach członkowskich produkujących duże ilości wina wprowadzanego do obrotu. Nie będą natomiast dostępne do wykorzystania w tych państwach członkowskich zaliczonych do strefy A uprawy winorośli, które produkują niewielkie ilości wina, w tym także dla Polski. Odnosząc się do zaproponowanych zmian na rynku cukru zawartych w art. 31 minister właściwy do spraw rynków rolnych przyznaje kwoty produkcyjne cukru i izoglukozy wyłącznie zatwierdzonym przez Prezesa Agencji Rynku Rolnego producentom cukru i producentom izoglukozy. Przepisy wspólnotowe pozwalają na cofnięcie zatwierdzenia producentowi cukru lub producentowi izoglukozy w przypadku nie spełnienia przez producenta określonych warunków. W sytuacji cofnięcia zatwierdzenia minister właściwy do spraw rynków rolnych uchyli decyzję przyznającą kwoty produkcyjne cukru lub izoglukozy danemu producentowi cukru lub izoglukozy. Minister właściwy do spraw rynków rolnych powinien mieć możliwość ponownego przydzielenia tej kwoty cukru innym producentom cukru posiadającym zatwierdzenie, którzy złożyli wnioski w tej sprawie. W tym celu minister właściwy do spraw rynków rolnych musi powiadomić wszystkich producentów cukru o wielkości kwoty produkcyjnej dostępnej w wyniku cofnięcia zatwierdzenia. Wówczas zainteresowani przyznaniem tej kwoty producenci cukru mogą złożyć wnioski do ministra właściwego do spraw rynków rolnych w terminie 30 dni od dnia otrzymania pisemnej informacji. Przedmiotowy wniosek powinien zawierać m.in. dane dotyczące: siedziby i adresu wnioskodawcy, numeru w Krajowym Rejestrze Sądowym lub numeru w Ewidencji Działalności Gospodarczej, numeru identyfikacji podatkowej NIP, wysokości kwoty produkcyjnej cukru, o którą wnioskuje producent, aktualnej informacji o zatwierdzeniu producenta. Kwotę produkcyjną cukru przyznawana jest w wysokości proporcjonalnej do wysokości kwoty wskazanej we wniosku producenta cukru.
W odniesieniu do niezwiązanej z produkcją części płatności projekt ustawy zakłada wypłatę tych płatności w formie tzw. „na gospodarstwo”, a więc dotychczasowym producentom lub ich następcom proporcjonalnie do produkcji ziemniaków skrobiowych w ekwiwalencie skrobi w historycznym okresie referencyjnym. Takie rozwiązanie pozwoli na skierowanie płatności do dotychczasowych plantatorów, bez zmiany wysokości całkowitych dopłat, jakie mogliby uzyskać w dotychczasowym systemie. Prawo do uzyskania płatności niezwiązanych z produkcją nabędą producenci ziemniaków skrobiowych, którzy uzyskali płatność uzupełniającą za ziemniaki skrobiowe wyprodukowane na podstawie umowy kontraktacji zawartej w roku gospodarczym 2007/2008. Zaproponowano, aby prawo do uzyskania płatności niezwiązanej było niepodzielne, dziedziczne i mogło być zbywane wyłącznie z jednoczesnym zbyciem całego gospodarstwa rolnego. Ponadto przewidziano utworzenie rejestru podmiotów, które posiadają prawo do uzyskania płatności niezwiązanej, który będzie prowadzony przez dyrektora oddziału terenowego ARR. Producent rolny zostaje wpisany do rejestru w przypadku wydania przez dyrektora oddziału terenowego Agencji decyzji o stwierdzeniu nabycia prawa do uzyskania płatności niezwiązanej. Rejestr jest jawny i zawiera m.in. informację o indywidualnej ilości referencyjnej poszczególnego producenta rolnego. Wpis do rejestru jest jednym z warunków uzyskania płatności niezwiązanej. Proponuje się, aby wnioski o przyznanie płatności niezwiązanej były składane w terminie od dnia 15 marca do dnia 15 maja roku zbioru, co pokrywa się z terminem składania wniosków o przyznanie płatności wynikających z przepisów o płatnościach w ramach systemów wsparcia bezpośredniego.