Za uchyleniem tych przepisów przemawia również fakt, że postępowania karne często wszczynane są w oparciu jedynie o pomówienie funkcjonariusza celnego o czyn zabroniony, postępowania te toczą się przez wiele lat i znaczny procent postępowań kończy się wydaniem wyroku uniewinniającego. Ani fakt doniosłości zadań Służby Celnej dla budżetu państwa, ani ryzyko towarzyszące wykonywaniu służby oraz jego skala – w szczególności wywieranie na celników presji korupcyjnej oraz częstotliwość stykania się ze środowiskami przestępczymi – nie uzasadnia pozostawienia w obrocie prawnym tak restrykcyjnych rozwiązań. Wobec zaproponowanej zmiany uchylenia przepisu art. 25 ust. 1 pkt 8a i 8b konieczna jest również zmiana przepisu zawartego w art. 23 ust 3, który pozwala zawiesić funkcjonariusza celnego, przeciwko któremu toczy się postępowanie karne w wykonywaniu czynności na czas trwania tego postępowania.
Zaproponowano również rozszerzyć katalog fakultatywnych przesłanek zwolnienia funkcjonariusza celnego w sytuacji, gdy postępowanie karne przeciwko niemu trwa powyżej 12 miesięcy. Przepis ten poza określeniem czasowym zawieszenia, jest analogiczny do unormować zawartych w przepisach o Policji. W art. 60 ust. 2 ustawy określono, że w przypadku uniewinnienia funkcjonariusza celnego oraz pozostawienia go w służbie, należy mu wypłacić wstrzymaną w okresie zawieszenia część uposażenia oraz obligatoryjne podwyżki. W ten sposób ustawodawca unika podwójnego karania funkcjonariusza za naruszenie obowiązków służbowych w sytuacji, kiedy zostaje zakończone postępowanie, w wyniku, którego orzeczono karę dyscyplinarną inną niż karę wydalenia ze służby, a funkcjonariusz nie został skazany prawomocnym wyrokiem sądu. Zmiana ta stanowi realizację wytycznych Trybunału Konstytucyjnego zawartych w wyroku K 1/04 z dnia 19.10.2004 r., w którym TK stwierdził, iż przywrócenie do służby oznacza przywrócenie ciągłości stosunku służbowego funkcjonariusza celnego ze wszystkimi tego konsekwencjami – w tym też dotyczącymi zrekompensowania i restytucji skutków zwolnienia. Ponadto w tym orzeczeniu TK zwrócił uwagę na potrzebę uregulowania przepisów prawnych, które dotyczyłyby wypłaty wstrzymanej części wynagrodzenia w razie umorzenia postępowania karnego w fazie postępowania przygotowawczego, gdy miało miejsce zawieszenie w pełnieniu obowiązków funkcjonariusza celnego, któremu postawiono zarzut popełnienia przestępstwa, ale, przeciwko któremu nie wniesiono aktu oskarżenia.
Projekt nowelizacji przewiduje, iż funkcjonariusze celni w postępowaniu dyscyplinarnym mogą korzystać z pomocy radców prawnych i adwokatów jako obrońców, bowiem uchylony przez Trybunał Konstytucyjny przepis art. 70 ust. 1 stanowił, że obrońcą w postępowaniu dyscyplinarnym funkcjonariusza celnego może być wyłącznie funkcjonariusz celny. Przepis ten został orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego z dnia 19 marca 2007 r. uznany za niezgodny z Konstytucją Rzeczypospolitej Polskiej.
Nowelizacja przewiduje również sytuację funkcjonariusza celnego w stosunku do którego przed dniem wejścia w życie projektowanej nowelizacji zostało wszczęte lub toczy się postępowania w sprawie zwolnienia ze służby na podstawie przepisu art. 25 ust. 1 pkt 8a lub pkt 8b. Ustawodawca proponuje, aby wówczas umorzyć postępowanie z mocy prawa. Wprowadzono także regulację, która ma na celu zagwarantowanie funkcjonariuszowi celnemu pełnych praw do powrotu do służby, pod warunkiem, że na mocy postanowień lub orzeczeń sądowych okaże się, że przesłanki wniesienia aktu oskarżenia okazały się bezzasadne.
Wejście w życie niniejszego projektu z dniem ogłoszenia jest uzasadnione koniecznością pilnego wyeliminowania nierównego traktowania funkcjonariuszy celnych w porównaniu z innymi służbami mundurowymi. Proponowany termin wejścia w życie z dniem ogłoszenia nie pozostaje w sprzeczności z zasadami demokratycznego państwa prawnego i wypełnia dyspozycję określoną w art. 4 ust. 2 ustawy z dnia 20 lipca 2000 r. o ogłaszaniu aktów normatywnych i niektórych innych aktów prawnych (Dz. U. z 2007 r. Nr 68, poz. 449).
