Rozporządzenie stanowi, że organami kontroli wykorzystania środków budżetowych i mienia państwowego na cele specjalne są Minister Obrony Narodowej – w jednostkach podległych lub nadzorowanych, minister właściwy do spraw wewnętrznych – w Policji, Państwowej Straży Pożarnej, Straży Granicznej oraz Biurze Ochrony Rządu, Szef Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego – w jednostkach organizacyjnych Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego, Szef Agencji Wywiadu – w jednostkach organizacyjnych Agencji Wywiadu oraz Szef Centralnego Biura Antykorupcyjnego – w jednostkach organizacyjnych Centralnego Biura Antykorupcyjnego. Kontrola wykorzystania środków budżetowych i mienia państwowego na cele specjalne ma na celu ocenę prawidłowości wykorzystania tych środków i mienia pod względem celowości, legalności, gospodarności i rzetelności oraz ustalenie kompletności i rzetelności dokumentów dotyczących celu specjalnego. Kontrolę należy przeprowadzać zgodnie z planem kontroli, który jest zatwierdzany przez organ kontroli. Należy jednak uwzględnić, że kontrola może być również prowadzona poza planem kontroli -w oparciu o uzyskane informacje, materiały lub analizy. Jest ona przeprowadzana na podstawie legitymacji służbowej oraz pisemnego, imiennego upoważnienia do przeprowadzenia kontroli, wydanego przez organ kontroli. Przeprowadzający kontrolę jest zobowiązany posiadać poświadczenie bezpieczeństwa uprawniające do dostępu do informacji niejawnych oznaczonych klauzulą "ściśle tajne".
Osoba, która przeprowadza kontrolę przeprowadza czynności kontrolne zgodnie z planem kontroli i dokumentuje ich przebieg w aktach kontroli – w szczególności kontrolujący sporządza protokół lub notatkę z poszczególnych czynności kontrolnych, dokonuje ustaleń stanu faktycznego na podstawie dowodów zgromadzonych w wyniku czynności kontrolnych, sporządza protokół kontroli oraz projekt informacji o wynikach kontroli oraz wyjaśnia zastrzeżenia zgłoszone do ustaleń zawartych w protokole kontroli i wykonuje inne czynności w zakresie postępowania kontrolnego zlecone przez organ kontroli. Kontrolujący jest upoważniony do swobodnego poruszania się na terenie kontrolowanej jednostki organizacyjnej bez obowiązku uzyskiwania przepustki. W ramach udzielonego upoważnienia kontrolujący ma m.in. prawo do swobodnego wstępu do obiektów i pomieszczeń kontrolowanej jednostki organizacyjnej oraz żądania, w terminie przez niego wyznaczonym, ustnych lub pisemnych informacji i wyjaśnień od kierownika kontrolowanej jednostki organizacyjnej oraz od podległych mu żołnierzy, funkcjonariuszy lub pracowników.
W sytuacji, gdy w toku kontroli ujawnione zostają okoliczności wskazujące na popełnienie przestępstwa lub wykroczenia albo przestępstwa lub wykroczenia skarbowego, albo naruszenia dyscypliny finansów publicznych, kontrolujący musi niezwłocznie poinformować pisemnie o tym właściwy organ ścigania oraz organ kontroli. Z ustaleń przeprowadzonych w toku kontroli kontrolujący sporządza, w sposób uporządkowany chronologicznie, zwięzły i przejrzysty, protokół kontroli. Jest on sporządzany w dwóch jednobrzmiących egzemplarzach, z których jeden otrzymuje – za poświadczeniem odbioru – kierownik kontrolowanej jednostki organizacyjnej, a drugi egzemplarz – organ kontroli.
Kierownikowi kontrolowanej jednostki organizacyjnej przed podpisaniem protokołu kontroli przysługuje prawo zgłoszenia umotywowanych zastrzeżeń, co do ustaleń zawartych w protokole kontroli w terminie 14 dni od dnia jego otrzymania. Zastrzeżenia należy złożyć na piśmie osobie kontrolującej. W przypadku stwierdzenia zasadności zastrzeżeń i ich uwzględnienia kontrolujący zmienia lub uzupełnia treść protokołu kontroli. Natomiast w przypadku nieuwzględnienia zastrzeżeń w całości lub w części, kierownikowi kontrolowanej jednostki organizacyjnej, który zgłosił zastrzeżenia, przekazuje się pisemne stanowisko kontrolującego w tej sprawie. W takiej sytuacji kierownik kontrolowanej jednostki organizacyjnej może odmówić podpisania protokołu kontroli, pisemnie uzasadniając odmowę jego podpisania. Osoba kontrolująca ma 14 dni od dnia zgłoszenia zastrzeżeń na ich rozpatrzenie. Odmowa podpisania protokołu kontroli przez kierownika kontrolowanej jednostki organizacyjnej nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu przez kontrolującego i sporządzenia informacji o wynikach kontroli. W oparciu o wyniki kontroli oraz po rozpatrzeniu zgłoszonych zastrzeżeń kontrolujący w terminie 30 dni od dnia podpisania protokołu musi sporządzić informację o wynikach kontroli, którą po zatwierdzeniu przez organ kontroli kieruje do kierownika kontrolowanej jednostki organizacyjnej. Zawiera ona ocenę działalności kontrolowanej jednostki organizacyjnej wynikającą z ustaleń zawartych w protokole kontroli, opis przyczyn powstania, zakres i skutki stwierdzonych nieprawidłowości, osoby odpowiedzialne za ich powstanie oraz uwagi, wnioski i zalecenia w sprawie ich usunięcia oraz termin ich usunięcia.
