Art. 14a ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym do 31 grudnia 1999 r. przewidywał całkowite zwolnienie podatnika podatku od towarów i usług prowadzącego zakład pracy chronionej z wpłat należnego podatku do urzędu skarbowego. Nowelizacja przepisu dokonana ustawą z 20 listopada 1999 r. spowodowała zmianę zasad wyliczenia kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładów pracy chronionej. W rezultacie przeprowadzonej nowelizacji zwolnienie to z dniem 1 stycznia 2000 r. zastąpione zostało obowiązkiem wpłat należności z tytułu podatku od towarów i usług na konto właściwego urzędu skarbowego oraz uzyskaniem prawa do całkowitego lub częściowego zwrotu tych kwot przez urząd skarbowy na wniosek podatnika. Zmianie uległy także zasady wyliczenia kwoty, którą organ może zwrócić w stosunku do tej, którą zakład pracy chronionej mógł zatrzymać na zasadach obowiązujących przed zmianą. Krótki okres, w jakim doszło do nowelizacji ustawy i brak przepisów przejściowych spowodował pogorszenie sytuacji prowadzących zakłady pracy chronionej. Problem ten dostrzegł Trybunał Konstytucyjny w swoim wyroku z 25 czerwca 2002 r. w sprawie K 45/01 w którym orzekł, że art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy w zakresie, w jakim zmienia zasady wyliczania kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładu pracy chronionej jest niezgodny z zasadą ochrony praw nabytych i zasadą ochrony interesów w toku. Trybunał ograniczył krąg podmiotów, do których odnosiło się rozstrzygnięcie do prowadzących zakłady pracy chronionej, którym przyznano status zakładu pracy chronionej na okres trzech lat. Poza kręgiem adresatów wyroku pozostali prowadzący zakłady pracy chronionej, którzy decyzję o przyznaniu im takiego statusu uzyskali bezterminowo na podstawie ustawy z 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych.
Leszek B., prowadzący zakład pracy chronionej o takim właśnie statusie, wystąpił z wnioskiem do organów skarbowych o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące w latach 2000-2003. Według niego sytuacja, w jakiej znalazł się po nowelizacji z 20 listopada 1999 r., zakwalifikowała go do grona podmiotów, do których odnosi się wyrok TK z 25 czerwca 2002 r. Skarżący wskazał, że nadpłatę podatku stanowi różnica pomiędzy kwotami zwolnienia na podstawie przepisów dotychczasowych, a kwotami zwrotu VAT otrzymanego z urzędu skarbowego, w myśl tych przepisów, lecz w brzmieniu ustalonym zakwestionowaną przez TK nowelizacją. Organy obu instancji skarbowych odmówiły Leszkowi B. stwierdzenia nadpłaty. Uznały, że skoro przedsiębiorcy nadano status zakładu pracy chronionej na czas nieokreślony, nie można uznać, że należy on do kręgu adresatów określonych wyrokiem TK z dnia 25 czerwca 2002 r. Leszek B. zaskarżył decyzję dyrektora izby skarbowej. W swoim uzasadnieniu podkreślił, że niezmiennie od 1996 r. zakład spełnia warunki określone dla zakładu pracy chronionej na podstawie decyzji wydanej w oparciu o obowiązującą wówczas ustawę z 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych, która nie przewidywała określenia terminu obowiązywania decyzji. Decyzje wskazujące maksymalny termin ich obowiązywania wynoszący 3 lata wydawane były dopiero od 1998 r. na podstawie nowej ustawy z 27 sierpnia 1997 r. o rehabilitacji zawodowej i społecznej oraz zatrudnianiu osób niepełnosprawnych. Ponadto podkreślił, że nowa ustawa z 27 sierpnia 1997 r. nie różnicuje w żaden sposób sytuacji prawnej prowadzących zakłady pracy chronionej, którzy status ten posiadają na podstawie ustawy z 1991 r., w stosunku do sytuacji podmiotów posiadających taki status przyznany decyzją wskazującą maksymalny termin jej obowiązywania. Skoro brak zróżnicowania w zakresie praw i obowiązków wynikających z tej ustawy obu grup podmiotów, to nie ma podstaw do różnicowania ich uprawnienia do stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług.
Wojewódzki sąd administracyjny rozpatrując o legalności zaskarżonej decyzji powziął wątpliwość, co do zgodności kwestionowanego przepisu z konstytucją w zakresie, w jakim, nie przewidując przepisów przejściowych, zmienił zasady wyliczenia kwoty podatku od towarów i usług podlegającej zwrotowi na rzecz zakładów pracy chronionej, które na dzień 30 listopada 1999 r. miały status zakładów pracy chronionej nadany bezterminowymi decyzjami wydanymi na podstawie ustawy z 9 maja 1991 r. o zatrudnianiu i rehabilitacji zawodowej osób niepełnosprawnych. Przesłanka istnienia wydzielonych ram czasowych, którą Trybunał Konstytucyjny wyeksponował w wyroku z 25 czerwca 2002 r. w sposób istotny różnicuje sytuację prawną podmiotów znajdujących się w jednakowej sytuacji, stwarzając ochronę prawną jedynie określonej części takich podmiotów, bez dostrzeżenia praw podmiotów, których reprezentuje skarżący. W opinii pytającego sądu kwestionowany przepis narusza konstytucyjną zasadą równości.
Trybunał Konstytucyjny orzekł, że art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy z dnia 20 listopada 1999 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym jest zgodny z zasadą ochrony interesów w toku wyrażoną w art. 2 konstytucji oraz z art. 32 konstytucji. Zaskarżony art. 1 pkt 8 tej ustawy nadawał nowe brzmienie art. 14a ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym. Dotychczasowe zwolnienie prowadzącego zakład pracy chronionej od wpłat do urzędu skarbowego należności z tytułu podatku od towarów i usług zostało zastąpione prawem do otrzymania zwrotu wpłaconej kwoty podatku od towarów i usług w całości lub w części według zasad określonych tym artykule.
Trybunał Konstytucyjny uznał, że zakwestionowana regulacja nie naruszała zasady ochrony interesów w toku. Zachowane zostały podstawowe wymogi legislacyjne dotyczące kwestionowanej zmiany tj. zmiana przywileju nastąpiła z początkiem nowego roku podatkowego, zachowana została także vacatio legis, której okres wynosił 1 miesiąc. Natomiast rezygnacja z przepisów przejściowych spowodowana była koniecznością ochrony innych wartości konstytucyjnych tj. troską o dobro publiczne poprzez przeciwdziałanie nadużyciom podatkowym na szeroka skalę, a także faktem, że zwolnienie z wpłat nie zostało całkowicie wyeliminowane, ale zastąpione innym – prawem do zwrotu części lub całości wpłaconego podatku. Zakwestionowana zmiana wynikała także z obowiązku dostosowania przepisów o podatku od towarów i usług do standardów unijnych.
Trybunał nie znalazł również podstaw, aby uznać art. 1 pkt 8 w związku z art. 3 ustawy zmieniającej z 1999 r. w brzmieniu obowiązującym po wyroku TK z 25 czerwca 2002 r., sygn. K 45/01 za niezgodny z art. 32 Konstytucji. Wyrok Trybunału Konstytucyjnego w sprawie K 45/01 dotyczył zakładów pracy chronionej innego typu tj. takich, które status ten uzyskały na podstawie ustawy z 1997 r. tj. na czas określony. Trybunał Konstytucyjny w uzasadnieniu tamtego wyroku podkreślił, że w jego ocenie wprowadzone zmiany znajdowały podstawę w wartościach konstytucyjnych, jednak "ustawodawca przewidując trzyletni okres obowiązywania decyzji o przyznaniu statusu zakładu pracy chronionej określił tym samym horyzont czasowy dla planowania przez prowadzących zakłady pracy chronionej przyszłych działań związanych z korzystaniem z określonych w ustawach uprawnień i realizacją określonych w nich obowiązków". Natomiast w przypadku zakładów pracy chronionej, którym status ten przyznany został bezterminowo ustawodawca korzystał ze znacznie większej swobody wynikającej chociażby z braku dającego się jednoznacznie wyznaczyć czasu. W niniejszej sprawie Trybunał uznał, że zakłady pracy chronionej, uzyskując taki status bezterminowo, znajdowały się w odmiennej sytuacji prawnej – niż podmioty, które status ten otrzymały jedynie na okres 3 lat i tylko w tym wyznaczonym okresie korzystać mogły ze szczególnych uprawnień, w tym przywilejów podatkowych. Ze względu na brak wyznaczenia jakichkolwiek ram czasowych korzystania z uprzywilejowanej pozycji, musiały się jednak liczyć z możliwością zmiany ich sytuacji prawnej.
