Przepisy, które obowiązywały do wejścia w życie nowelizacji ustawy nie zawierały jakichkolwiek sankcji za naruszenie przez organy kontroli postanowień art. 82 i art. 83 ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, tj. w przypadku odpowiednio naruszenia zakazu prowadzenia kontroli działalności przedsiębiorcy przez więcej niż jeden organ kontroli oraz naruszenia czasowego ograniczenia prowadzenia kontroli. Brak wspomnianych sanacji powoduje negatywne skutki w praktyce, ponieważ przedsiębiorcy nie dysponują żadnymi środkami prawnymi, które służyłyby ochronie ich słusznych interesów. Należy podkreślić, iż naruszenie powyższych zakazów może znacznie utrudniać lub nawet w dłuższej perspektywie uniemożliwiać prowadzenie działalności gospodarczej przez przedsiębiorcę. W następstwie tego przedsiębiorca niejednokrotnie ponosił straty związane z przeprowadzoną w sposób nieuprawniony kontrolą nie mógł żądać odszkodowania z tego tytułu.
Zgodnie z przepisami nowelizacji przedsiębiorca będzie mógł zareagować na naruszenie przez organy kontroli postanowień ustawy o swobodzie działalności gospodarcze poprzez wniesienie środka prawnego – sprzeciwu. Sprzeciw powinien być wniesiony na piśmie – w terminie siedmiu dni od wystąpienia podstawy do jego wniesienia. Sprzeciw zawiera wskazanie innego organu kontroli, który prowadzi czynności kontrolne wobec działalności przedsiębiorcy ora daty rozpoczęcia kontroli lub czasu trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w roku kalendarzowym. Wniesienie sprzeciwu powoduje wstrzymanie kontroli przez organ kontroli, którzy otrzymał sprzeciw. Organ kontroli – pomimo terminie 7 dni od dnia otrzymania sprzeciwu bada jego zasadność i wydaje decyzję pomimo odstąpieniu od prowadzenia czynności kontrolnych lub ponownym podjęciu czynności kontrolnych. W przypadku bezskutecznego upływu terminu siedmiu dni należy uznać, że organ odstąpił od prowadzenia czynności kontrolnych. Od tej decyzji przedsiębiorca może złoży odwołanie do organu kontroli wyższego stopnia pomimo terminie 7 dni pomimo dnia otrzymania decyzji.
Jeśli pomimo zawiadomienia organ kontroli podejmie decyzję o dalszym prowadzeniu kontroli przedsiębiorcy przysługiwać będzie roszczenie odszkodowawcze tytułem strat, jakie poniósł w związku z przeprowadzana kontrolą. Ponadto nieuzasadnione przedłużanie czasu kontroli powodować będzie, iż zebrana dokumentacja nie będzie mogła zostać wykorzystana na niekorzyść przedsiębiorcy. Wprowadzenie takich przepisów powinno zmobilizować organy kontroli do sprawniejszego oraz szybszego działania. Istotnym jest jednak, iż przedłużenie czasu trwania kontroli określonego w upoważnieniu – jest możliwe – jednakże wymaga uzasadnienia na piśmie. Uzasadnienie musi zostać doręczone przedsiębiorcy i wpisane do książki kontroli przez podjęciem dalszych czynności kontrolnych. Organ kontroli jest zobowiązany do tego, aby w terminie 30 dni kalendarzowych od dnia zakończenia kontroli dostarczyć przedsiębiorcy protokół kontrolny, w którego treści szczegółowo przedstawione są wyniki przeprowadzonej kontroli.
