Zaproponowano w projekcie ustawy, żeby PKP Polskie Linie Kolejowe SA, jako zarządca narodowej infrastruktury kolejowej, występowały o wydanie decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej o znaczeniu państwowym. Maja one zastąpić w tej roli Ministra Infrastruktury, który aktualnie pośredniczy pomiędzy inwestorem, czyli PKP PLK a wojewodą, który wydaje taką decyzję, co wydłuża czas jej wydania. Wojewoda będzie również zawiadamiał właścicieli i użytkowników wieczystych nieruchomości o wszczęciu postępowania w sprawie wydania decyzji o ustaleniu lokalizacji linii kolejowej. Jeśli decyzja taka zostanie wydana, stanie się automatycznie decyzją wywłaszczeniową.
Zgodnie z nowymi przepisami, PKP PLK – z dniem uprawomocnienia się decyzji – nabywać będą prawo użytkowania wieczystego gruntów wydzielonych pod linie kolejowe oraz prawo własności budynków, innych urządzeń i lokali na nich się znajdujących. Dochód uzyskany przez PKP PLK z tytułu nabycia wyżej wymienionych praw ma być zwolniony z podatku dochodowego. Przewidziano też zwolnienie PKP PLK z opłat za nabyte prawo użytkowania wieczystego gruntów. Zwolnienia te nie stanowią pomocy publicznej, czyli nie zakłócą konkurencji na rynku Unii Europejskiej.
W nowych przepisach uregulowano także kwestię wypłaty odszkodowań za przejęte nieruchomości. Założono, że będą one wypłacane przez PKP PLK, a nie jak dotychczas przez Skarb Państwa. Zaproponowano, aby ustalenie wysokości odszkodowania odbywało się na zasadzie negocjacji PKP PLK z właścicielami lub użytkownikami wieczystymi. Decyzja administracyjna w tej sprawie wydawana byłaby jedynie w przypadku niepowodzenia negocjacji. Oznacza to odciążenie wojewodów od prowadzenia postępowań administracyjnych i przyspieszenie wypłacania odszkodowań. W świetle obowiązującego prawa odszkodowanie ustalane jest w drodze decyzji administracyjnej.
Ponadto zaproponowano, aby odszkodowanie za wywłaszczenie było wyższe od wartości ustalonej przez rzeczoznawcę majątkowego:, o 5%, gdy dotychczasowy właściciel lub użytkownik wieczysty niezwłocznie przekaże nieruchomość i opróżni pomieszczenia, o 10 tys. zł, za nieruchomość z budynkiem mieszkalnym albo budynkiem, w którym wydzielono mieszkania. Zamierzeniem jest, aby odszkodowanie pozwoliło odtworzyć w innym miejscu stan posiadania sprzed wywłaszczenia. Podobne rozwiązanie przewidziano w projekcie nowelizacji ustawy o szczególnych zasadach przygotowania i realizacji inwestycji w zakresie dróg publicznych. W 2009 r. maksymalne koszty wykupu nieruchomości pod linie kolejowe oszacowano na ok. 120 mln zł.
