Przepisy projektu przewidują nowe progi ostrożnościowe w razie wzrost deficytu. W przypadku, gdy wartość relacji kwoty państwowego długu publicznego do produktu krajowego brutto będzie wyższa niż 47%,a nie niższa niż 52%, to wówczasRada Ministrów będzie mogła uchwalić tylko taki projekt ustawy budżetowej, w którym deficyt budżetu państwa nie będzie mógł być wyższy niż deficyt budżetu państwa z ustawy budżetowej bieżącego roku. Natomiast, gdy omawiana relacja wyniesie od 52 do 55%, to stosunek długu Skarbu Państwa do PKB przewidywany na koniec roku budżetowego będzie musiał być niższy od relacji ogłoszonej do 31 maja za poprzedni rok budżetowy. Nie będzie również możliwe planowanie wydatków na nowe inwestycje o okresie realizacji dłuższym niż 2 lata i których wartość jednostkowa przekroczy 500 mln zł. Na wypadek, gdy relacja długu Skarbu Państwa do PKB przekroczy 55%wprowadzone zostały dodatkowe zaostrzenia, co do kształtowania się pozycji wydatkowych w budżecie państwa – między innymi nie przewiduje się wzrostu wynagrodzeń pracowników państwowej sfery budżetowej oraz wydatków na nowe inwestycje. Z kolei dla relacji powyżej 60% normy ostrożnościowe pozostały bez zmian.
Szykują się również zmiany w organizacji sektora finansów publicznych, bowiem w opinii projektodawcy, wzmocnienie oraz poprawa przejrzystości finansów publicznych ma zapewnić przede wszystkim ograniczenie form organizacyjno – prawnych sektora finansów publicznych. W tym celu autor projektu zaproponował likwidację wszystkich państwowych zakładów budżetowych oraz gospodarstw pomocniczych państwowych i samorządowych jednostek budżetowych. Projekt przewiduje dalsze funkcjonowanie zakładów budżetowych w sferze samorządowej w ograniczonych dziedzinach wymienionych w ustawie (gospodarka mieszkaniowa, u sługi komunalne itp.). Zgodnie z projektem zostaną utworzone agencje wykonawcze jako nowe formy organizacyjno-prawnej dla wykonywania kluczowych zadań państwa, posiadającej osobowość prawną wraz z ustawowymi zasadami, warunkami i procedurami obowiązującymi w tworzeniu instytucji o takim statusie. W projekcie założono likwidację gminnych, powiatowych i wojewódzkich funduszy celowych oraz likwidację rachunków funduszy motywacyjnych, a także instytucji rachunków dochodów własnych. W dziedzinie oświaty, w samorządowych jednostkach budżetowych, stworzona została instytucja wydzielonego rachunku bankowego dla gromadzenia dochodów określonych w uchwale przez organ stanowiący. Zaproponowano również pozbawienie osobowości prawnej funduszy celowych, które na mocy nowelizacji zaczną działać w postaci rachunków bankowych.
Kontrola nad wydatkami publicznymi ulegnie wzmocnieniu poprzez wprowadzenie kontroli zarządczej i zaproponowanie nowych regulacji dotyczących audytu wewnętrznego. Polegają one na: ujednoliceniu definicji audytu wewnętrznego, podporządkowaniu audytorów wewnętrznych kierownikom jednostki, utworzeniu komitetu audytu jako ciała doradczego dla
ministrów w zakresie funkcjonowania kontroli zarządczej i audytu wewnętrznego w kierowanych przez nich działach administracji rządowej. System kontroli zarządczej zostanie utworzony na dwóch poziomach: w poszczególnych jednostkach oraz w dziale administracji rządowej i jednostce samorządu terytorialnego jako całości. Projekt przewiduje również ograniczenie liczby części budżetowych państwa włączanych do projektu budżetu państwa, których dochody oraz wydatki są poza kontrolą Rady Ministrów do: Kancelarii Sejmu, Senatu i Prezydenta RP oraz Trybunału Konstytucyjnego, Najwyższej Izby Kontroli, Sądu Najwyższego i Naczelnego Sądu Administracyjnego. Zdaniem Ministerstwa Finansów nie istnieją konstytucyjne wymagania tak szerokiego jak obecnie kręgu jednostek korzystających z przywileju samodzielnego projektowania swoich dochodów i wydatków. W projekcie wprowadzono także przepis zobowiązujący Prezesa Rady Ministrów do określenia, w drodze zarządzenia, szczegółowego sposobu dokonywania wydatków budżetu państwa przy wykorzystaniu służbowych kart płatniczych.
Jeśli chodzi o zakres gospodarowania środkami pochodzącymi z budżetu UE oraz krajów EFTA, to projekt przewiduje wyodrębnienie od 2010 r., w ramach budżetu państwa, „budżetu środków europejskich” oraz zmianę sposobu dokonywania płatności dla beneficjentów projektów i programów. Na etapie planowania wydatki będą prezentowane w podziale na części i działy klasyfikacji budżetowej oraz programy. Natomiast na etapie wykonywania wydatki będą przedstawiane w pełnej klasyfikacji budżetowej oraz w podziale na programy.
