Sprawa przed Europejskim Trybunałem Sprawiedliwości dotyczyła spółki Magoora, która wystąpiła z wnioskiem o interpretację przepisów dotyczących odliczania VAT przy nabyciu paliwa do samochodu używanego przez spółkę na podstawie umowy leasingu. Umowa dotyczyła samochodu, który w marcu 2005 r. spełniał kryteria umożliwiające odliczenie w całości podatku naliczonego – wynikające z tzn. wzoru Lisiaka. Od 22 sierpnia 2005 r. samochód przestał spełniać te kryteria. W opinii spółki wprowadzenie mniej korzystnych zasad odliczania podatku naliczonego przez polskiego ustawodawcę było niekorzystne z przepisami wspólnotowymi. Polska ustawa nie dawała możliwości odliczania podatku od zakupu paliwa od niektórych aut. Sprawa trafiła na wokandę krakowskiego wojewódzkiego sądu administracyjnego. Jednakże w związku z wątpliwościami sąd zadał w trybie prejudycjalnym pytanie do ETS.
Problem niezgodności krajowych przepisów, które zakazują odliczenia podatku przy nabyciu paliwa wiązał się z tzw. klauzulą stałości sformułowaną w art. 17 (6) VI Dyrektywy VAT. Klauzula ta stanowi, że po wejściu do Unii Europejskiej państwa członkowskie nie mogą wprowadzić nowych ograniczeń w prawie do odliczeń VAT. Ograniczenia nie byłyby zgodne z zasadą neutralności VAT. Dla dużej części polskich podatników zmiana wprowadzona w 2005 r. skutkowała utratą prawa do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu paliw do samochodów, które to prawa przysługiwało na dzień wejścia Polski do UE.
Zgodnie z naszymi oczekiwaniami Europejski Trybunał Sprawiedliwości uznał za niedopuszczalne przepisy polskie wprowadzone w sierpniu 2005 r. Podatnicy, którym odmówiono prawa do zwrotu podatku, mogą teraz skutecznie się o niego ubiegać. Dla podatników duże znaczenie mają orzeczenia ETS wydane w odpowiedzi na pytania prejudycjalne polskich sądów, bowiem pociągają za sobą zmianę niegodnego z prawem Unii Europejskiej przepisu, a od momentu publikacji takiego orzeczenia sądy zobowiązuje się do niestosowania tego przepisu przeciwko podatnikom. Wyrok ten jest tożsamy ze stanowiskiem PKPP Lewiatan: polskie prawo nie może zmieniać się tak często i gwałtownie, utrudniając życie przedsiębiorcom.
Ministerstwo Finansów twierdzi, że konsekwencje dla budżetu nie będą znaczące, ponieważ różnica dotyczy podatku naliczonego przy zakupie paliwa do samochodów o ładowności w przedziale do 500 do 629 kg, a zmiana w przepisach wprowadzona z dniem 22 sierpnia 2005 r. miała charakter techniczny. W oficjalnym komunikacie przeczytać można również, że „skutki budżetowe z tytułu przyznania zgodnie z ww. wyrokiem ETS odliczenia podatku od towarów i usług od nabywanych przez podatników paliw do napędu pojazdów samochodowych zostaną w części zredukowane skutkami w podatkach dochodowych. W przypadku podatników, którzy zaliczyli wydatki z tytułu nie odliczonego podatku naliczonego w koszty uzyskania przychodów, ewentualna korekta w podatku od towarów i usług (i odliczenie tego podatku) skutkowałaby koniecznością dokonania korekty w podatku dochodowym („wyrzuceniu” tych wydatków z kosztów uzyskania przychodów)”.
Według ekspertów PKPP Lewiatan konsekwencje dla budżetu mogą być liczone w miliardach złotych. Firmy, które w wyniku zmian straciły prawo do odliczenia VAT do paliwa, będą mogły złożyć korekty deklaracji i wystąpić o zwrot pieniędzy. W przypadku faktur zapłaconych w 2004 r. termin składania korekty upływa z końcem tego roku. Firmy, które z powodu zmian nie mogły odliczyć podatku w przypadku kupna pojazdu lub leasingu też będą mogły wystąpić z korektą. Chociaż urzędy skarbowe powinny stosować orzeczenie ETS wprost to z uwagi na fakt, iż przepisy ograniczyły prawo do odliczenia VAT, rozstrzygnięciami będą musiały się zająć sądy.
