Pomimo powyższych uregulowań, jeszcze do początku października 2008 r. na forum Parlamentu Europejskiego trwały dyskusje co do zasadności wprowadzenia do wyżej wymienionego rozporządzenia przepisu dotyczącego zakazu gromadzenia w bazach oraz przetwarzania danych dotyczących II cechy biometrycznej przez kraje członkowskie. Zatem zasadnym było wstrzymanie się z podjęciem prac legislacyjnych zmierzających do wprowadzenia przepisów regulujących przedmiotowe zagadnienie do prawa wewnętrznego, przynajmniej do czasu zajęcia ostatecznego stanowiska przez instytucje unijne. Stanowisko takie zostało wyrażone przez Komisję Europejską pod koniec października 2008 r. Zgodnie z nim, podjęcie decyzji w kwestii przechowywania i przetwarzania danych biometrycznych w postaci odcisków palców należy do wyłącznej kompetencji prawa krajowego każdego z państw członkowskich. Komisja Europejska uznała również, iż dane biometryczne są gromadzone i przechowywane na nośniku pamięci dla paszportu i dokumentów podróży jedynie w celu wydania tych dokumentów i mogą być wykorzystywane wyłącznie w celu
sprawdzenia autentyczności dokumentu i tożsamości jego posiadacza. Dopiero zajęcie takiego stanowiska, dało pełną legitymację do uregulowania kwestii przechowywania i przetwarzania danych biometrycznych w postaci odcisków palców w ewidencjach paszportowych w ustawie o dokumentach paszportowych.
Biorąc pod uwagę stanowisko Komisji Europejskiej, zakazujące wykorzystywania danych biometrycznych – w tym odcisków palców do innych celów niż sprawdzenie autentyczności dokumentu i tożsamości jego posiadacza, zajęto stanowisko, iż przechowywanie tych danych po wpisaniu przez organ paszportowy do ewidencji paszportowej potwierdzenia przyjęcia sporządzonego dokumentu paszportowego, bądź po wpisaniu informacji o odmowie wydania dokumentu paszportowego nie jest zasadne. Podjęcie decyzji o nieprzechowywaniu danych biometrycznych w ewidencjach paszportowych po dokonaniu przez organ paszportowy ww. czynności, jest tym bardziej zasadne, jeżeli weźmie się pod uwagę fakt, iż rozwiązanie takie daje gwarancję, iż dane biometryczne w postaci odcisków palców będą wykorzystywane
zgodnie z zaleceniem Komisji Europejskiej wyłącznie w celu sprawdzenia autentyczności dokumentu i potwierdzenia tożsamości jego posiadacza. Mając na względzie stanowisko Komisji Europejskiej zakazujące wykorzystywania danych biometrycznych w postaci odcisków palców do innych celów niż sprawdzenie autentyczności dokumentu i tożsamości jego posiadacza, dokonano zmiany treści aktualnie obowiązującego art. 52 ust. 2 ustawy
o dokumentach paszportowych, poprzez dodanie zapisu, iż dane biometryczne w postaci odcisków palców przechowywane w centralnej ewidencji paszportowej przez czas określony w art. 50 ust. 2 i 3, nie będą udostępniane organom enumeratywnie wymienionym w art. 52 ust. 2 ustawy o dokumentach paszportowych. Biorąc pod uwagę treść aktualnie obowiązującego art. 51 ustawy o dokumentach paszportowych, zgodnie z którą centralna ewidencja stanowi zbiory danych zgromadzonych w ewidencjach paszportowych, należy stwierdzić, iż dane biometryczne w postaci odcisków palców będą przechowywane w centralnej ewidencji przez czas przechowywania ich w ewidencjach paszportowych. Usunięcie tych danych z ewidencji paszportowych będzie automatycznie skutkowało usunięciem tych danych z centralnej ewidencji.
Analogiczne do proponowanych w przedkładanym projekcie ustawy rozwiązania prawne, dotyczące gromadzenia odcisków palców w bazach danych, zostały przewidziane np. w: Luksemburgu, Czechach, Słowacji, Danii, Niemczech, Włoszech i Austrii. Dla przykładu, projekt nowelizacji austriackiej ustawy paszportowej przewiduje obowiązek usunięcia pobranych odcisków palców z ewidencji organów paszportowych najpóźniej w ciągu dwóch miesięcy od dnia ich pobrania. W projekcie tym nie przewidziano także tworzenia stałej bazy danych zawierającej pobrane odciski palców. Kwestia gromadzenia odcisków palców w bazach danych będzie natomiast odmiennie uregulowana np. w: Holandii, Hiszpanii, Szwajcarii, Estonii, Norwegii, Portugalii, na Litwie oraz we Francji. W państwach tych utworzone zostaną bazy danych, w których bezterminowo będą przechowywane wszystkie pobrane odciski palców. Kwestia gromadzenia odcisków palców w bazach danych nie została natomiast jeszcze ostatecznie rozstrzygnięta w Belgii i Finlandii. Zaproponowana zmiana przepisów dotyczy jedynie zasad przechowywania w ewidencjach paszportowych danych biometrycznych w postaci odcisków palców i nie ma zastosowania do danych biometrycznych w postaci wizerunku twarzy. W związku z powyższym, dane biometryczne w postaci wizerunku twarzy, będą wpisywane i przechowywane w ewidencjach paszportowych na dotychczasowych zasadach.
