Zgodnie z rozporządzeniem pracodawca oraz osoba niepełnosprawna, która wykonuje działalność gospodarczą składają informacje i część I wniosku w terminie do ostatniego dnia miesiąca, w którym upłynął termin do opłacenia składek na ubezpieczenia społeczne, zgodnie z przepisami o systemie ubezpieczeń społecznych. Niepełnosprawny rolnik lub rolnik zobowiązany do opłacania składek za niepełnosprawnego domownika składają informacje i część I wniosku w terminie do 20. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym terminowo dokonano zapłaty składek za dany kwartał, zgodnie z przepisami o ubezpieczeniu społecznym rolników. Wówczas, gdy wnioskodawcy składają wniosek po raz pierwszy lub gdy dane uległy zmianie należy złożyć również drugą część wniosku.
Pracodawca oraz osoba niepełnosprawna wykonująca działalność gospodarczą w terminie 30 dni przed dniem przekazania po raz pierwszy informacji i wniosku przesyłają do Państwowego Funduszu Rehabilitacji Osób Niepełnosprawnych w formie dokumentu pisemnego. W terminie 30 dni przed dniem przekazania po raz pierwszy informacji i wniosku niepełnosprawny rolnik lub rolnik zobowiązany do opłacania składek za niepełnosprawnego domownika przesyłają Funduszowi w formie dokumentu pisemnego. Po otrzymaniu informacji i wniosku Fundusz sprawdza je pod względem rachunkowym i formalnym, a w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w terminie 5 dni od dnia otrzymania informacji lub wniosku informuje wnioskodawcę o stwierdzonych nieprawidłowościach i wzywa do ich usunięcia wraz z pouczeniem o pozostawieniu wniosku bez rozpoznania w przypadku ich nieusunięci, ustala czy wnioskodawca posiadała zaległości w zobowiązaniach wobec Funduszu w wysokości przekraczaj alej ogółem kwotę 100zł oraz ustala kwotę przysługującej refundacji składek i przekazuje ustaloną kwotę refundacji składek na rachunek bankowy wskazany przez wnioskodawcę. Po przesłaniu danych lub dokumentów, o których mowa powyżej (dokładny ich wykaz stanowi §4 rozporządzenia) jednak nie później niż na 14 dni przed dniem złożenia informacji i wniosku po raz pierwszy, wnioskodawca, który zamierza składać w formie elektronicznej wnioski, informacje lub informacje o podwyższonych kosztach odbiera od Funduszu identyfikator oraz hasło dostępu do programu informatycznego udostępnionego przez Fundusz, służącego do składania Zarządowi Funduszu dokumentów w formie elektronicznej. Ponadto należy podkreślić fakt, że wnioskodawca przekazujący odpowiednio wnioski, informacje lub informacje o podwyższonych kosztach w formie elektronicznej uwierzytelnia te dokumenty podpisem elektronicznym weryfikowanym za pomocą kwalifikowanego certyfikatu, na zasadach określonych w ustawie z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym (Dz. U. Nr 130, poz. 1450, z późn. zm.3)), albo certyfikatem dostarczonym przez Fundusz. Urzędowe poświadczenie odbioru dokumentu w formie elektronicznej przesłanego za pomocą teletransmisji danych następuje zgodnie z przepisami dotyczącymi warunków organizacyjno-technicznych doręczania dokumentów elektronicznych podmiotom publicznym.
W przypadku, gdy refundacja składek została wypłacona wnioskodawcy w wysokości wyższej od należnej, to obowiązkiem wnioskodawcy jest powiadomienie Funduszu o wysokości nienależnie pobranej kwoty refundacji oraz dokonanie zwrotu tej kwoty w terminie 14 dni od dnia jej ujawnienia. Natomiast, jeśli refundacja składek została wypłacona wnioskodawcy w wysokości niższej od należnej, wnioskodawca może poinformować Fundusz o wysokości kwoty stanowiącej różnicę pomiędzy kwotą należną a kwotą wypłaconą wnioskodawcy, w terminie do dnia 30 września roku następującego po roku, w którym przypadał okres zatrudnienia osoby niepełnosprawnej.
Wnioskodawca powinien dokonywać rozliczeń środków uzyskanych w ramach refundacji składek za okres roczny, posługując się w szczególności danymi zawartymi w informacjach i wnioskach. Pracodawca, będący podmiotem wykonującym działalność gospodarczą, w rozumieniu przepisów o swobodzie działalności gospodarczej, dokonuje rozliczenia refundacji składek za okres roczny, posługując się danymi, o których mowa powyżej oraz danymi zawartymi w informacji o wysokości i rodzaju podwyższonych kosztów zatrudnienia osób niepełnosprawnych.
