Art. 3 rozporządzenia stanowi, iż weryfikacja audytu energetycznego polega na sprawdzeniu dokumentów i prawidłowości przyjętych danych źródłowych, o których mowa w rozporządzeniu Ministra Infrastruktury, kompletności sporządzonej inwentaryzacji przedmiotu tego audytu, prawidłowości oceny stanu technicznego przedmiotu tego audytu, o której mowa w rozporządzeniu Ministra Infrastruktury. Ponadto weryfikacja audytu energetycznego polega również na sprawdzeniu racjonalności wskazanych rodzajów usprawnień oraz przedsięwzięć termomodernizacyjnych przewidzianych do oceny za pomocą procedury optymalizacji, o której mowa w rozporządzeniu Ministra Infrastruktury oraz dokumentacji realizacji procedury wyboru optymalnego wariantu przedsięwzięcia termomodernizacyjnego.
Postępowanie weryfikacyjne rozpoczyna się z dniem otrzymania i rejestracji przez weryfikatora audytu energetycznego. W ramach wstępnego etapu postępowania weryfikacyjnego, które nie może trwać dłużej niż siedem dni roboczych liczonych od dnia otrzymania audytu energetycznego – weryfikator dokonuje oceny jego kompletności zgodnie z wymogami formalnymi, o których jest mowa w rozporządzeniu Ministra Infrastruktury. W przypadku stwierdzenia niekompletności złożonego do weryfikacji audytu energetycznego, weryfikator musi poinformować w formie pisemnej inwestora o konieczności dokonania w określonym terminie stosownych uzupełnień. Właściwe postępowanie weryfikacyjne następuje po zakończeniu wstępnego etapu postępowania weryfikacyjnego lub po dokonaniu uzupełnień, o których mowa powyżej i nie może trwać dłużej niż dwa tygodnie. Weryfikator w ramach tego postępowania sprawdza zgodność audytu energetycznego z wymaganiami szczególnymi, o których mowa w rozporządzeniu Ministra Infrastruktury.
Po zakończeniu postępowania weryfikacyjnego weryfikator sporządza pisemną ocenę weryfikacyjną zawierającą stwierdzenie, że weryfikacja jest pozytywna albo negatywna. Ponadto negatywna ocena weryfikacyjna wymaga pisemnego zwięzłego uzasadnienia. Bank Gospodarstwa Krajowego może dokonać analizy oceny weryfikacyjnej audytu energetycznego sporządzonej przez podmiot, któremu Bank Gospodarstwa Krajowego zlecił wykonanie tej weryfikacji. Bank Gospodarstwa Krajowego może zlecać wykonanie weryfikacji audytu energetycznego podmiotom, które spełniają określone w rozporządzeniu warunki. Pierwszym z tych warunków jest wpis do Krajowego Rejestru Sądowego albo do ewidencji działalności gospodarczej. Muszą one również dysponować odpowiednio wykwalifikowaną kadrą z wyższym wykształceniem technicznym, ekonomicznym lub w dziedzinie nauk ścisłych oraz co najmniej z trzyletnią praktyką zawodową oraz doświadczeniem i dorobkiem w zakresie wykonywania w szczególności ekspertyz, opinii, opracowań studialnych z dziedziny oszczędności energii oraz szacowania kosztów inwestycji. Ponadto nie mogą istnieć pomiędzy tymi podmiotami powiązania kapitałowe lub nie są związane umowami cywilnoprawnymi z producentami wyrobów budowlanych i z wykonawcami robót budowlanych oraz z ich zrzeszeniami w sposób, który podważałby obiektywność dokonywanej weryfikacji oraz nie wykonują audytów energetycznych sporządzanych dla potrzeb uzyskiwania premii termomodernizacyjnej z Funduszu Termomodernizacji.
