Zgodnie z art. 2 kontrola dokumentacji polegać ma na sprawdzeniu czy zakład posiada decyzję powiatowego lekarza weterynarii o wpisie do rejestru zakładów albo zatwierdzeniu zakładu. Ponadto należy sprawdzić dokumentację dotyczącą aktualnego zakresu i rodzaju działalności prowadzonej w zakładzie, dla materiałów i wyrobów przeznaczonych do kontaktu z żywnością, a także dokumenty potwierdzające spełnianie przez zakład wymagań określonych w art. 18 rozporządzenia (WE) nr 178/2002 Parlamentu Europejskiego i Rady z dnia 28 stycznia 2002 r. ustanawiającego ogólne zasady i wymagania prawa żywnościowego, powołującego Europejski Urząd Do Spraw Bezpieczeństwa Żywności oraz ustanawiającego procedury w zakresie bezpieczeństwa żywności – w tym świadectw zdrowia i innych dokumentów towarzyszących surowcom i produktom pochodzenia zwierzęcego. Podczas kontroli należy również sprawdzić dokumentację dotyczącą okresowego sprawdzania urządzeń, aparatów, sprzętu, narzędzi w zakładzie pod względem właściwego ich funkcjonowania, sporządzonej przez upoważnione do tego organy na podstawie pomiarów własną aparaturą oraz zawierającą związane z zapewnieniem bezpieczeństwa żywności, dane z wydruków urządzeń automatycznie rejestrujących parametry procesów technologicznych. Zgodnie z przepisami zweryfikować należy również dokumentację pokontrolnej z przeprowadzonych kontroli, dotyczącej wykonania zaleceń pokontrolnych oraz innych dokumentów związanych z przedmiotem kontroli. Natomiast kontrola obowiązujących w zakładzie wewnętrznych systemów kontroli bezpieczeństwa żywności pochodzenia zwierzęcego i przestrzegania zasad higieny polega na sprawdzeniu stanu faktycznego oraz dokumentacji w zakresie m.in. badania wody, czyszczenia, mycia i dezynfekcji urządzeń ii sprzętu oraz stanu zdrowia pracowników. Kontrola higieny personelu polega na sprawdzeniu, czy osoby biorące udział w procesie produkcji i obrocie produktami pochodzenia zwierzęcego przestrzegają zasad higieny oraz czy są odpowiednio przeszkolone w zakresie ich przestrzegania.
System HACCP jest rekomendowany przez Światową Organizację Zdrowia (WHO), Codex Alimentarius oraz wymagany ustawodawstwem Unii Europejskiej. Jest najskuteczniejszym i najbardziej efektywnym narzędziem zapewnienia wysokiego standardu higienicznego warunków produkcji i przetwarzania żywności. HACCP jest systemowym postępowaniem mającym na celu identyfikację zagrożeń jakości zdrowotnej żywności oraz ryzyka ich wystąpienia, podczas wszystkich etapów procesu produkcji i dystrybucji żywności. Jest to również system, który kontroluje i opanowuje wszystkie zagrożenia istotne z punktu widzenia bezpieczeństwa konsumenta i ochrony jego zdrowia. W przypadku stosowania tego systemu przez zakład, urzędowa kontrola polega na sprawdzeniu planu systemu HACCP w zakładzie, określenia krytycznych punktów kontroli w celu wyeliminowania lub zminimalizowania wystąpienia zagrożeń jakości zdrowotnej produktów pochodzenia zwierzęcego. Ponadto należy również sprawdzić system monitorowania krytycznych punktów kontroli oraz sprawdzenia stwierdzonych podczas monitorowania zagrożeń jakości zdrowotnej produktów pochodzenia zwierzęcego oraz działań naprawczych podejmowanych w przypadku, gdy krytyczny punkt kontroli nie spełnia wymagań.
W ramach urzędowych kontroli produktów pochodzenia zwierzęcego pobiera się próbki produktów pochodzenia zwierzęcego lub z miejsc produkcji lub z materiałów stosowanych w procesie produkcji. Należy je pobrać w sposób zapewniający uzyskanie reprezentatywności dla całej partii towaru w zakresie cech organoleptycznych, fizykochemicznych i mikrobiologicznych oraz uniemożliwiający zanieczyszczenie lub zmianę cech partii towaru, z której próbki są pobierane. Pobierać je należy przy zastosowaniu sprzętu niepowodującego zmian organoleptycznych, fizykochemicznych i mikrobiologicznych pobieranych próbek. Pobrane próbki trzeba zaopatrzyć w informację, która zawiera nazwę produktu lub rodzaj próbki, dane identyfikacyjne oraz wielkość partii, z której próbkę pobrano, datę i miejsce pobrania próbek, imię i nazwisko osoby pobierającej próbkę, a także numer protokołu pobrania próbek. Informację należy zamieścić na opakowaniu próbki w sposób zabezpieczający przed zmianą jej treści lub zniszczeniem. Po pobraniu próbek sporządza się, w trzech egzemplarzach, protokół ich pobrania. Pobrane i zabezpieczone próbki transportuje się i przechowuje w sposób zapewniający ich ochronę przed wpływem czynników powodujących zmianę stanu próbki. Pobrane próbki przesyła się do laboratorium urzędowego w rozumieniu przepisów o Inspekcji Weterynaryjnej w celu przeprowadzenia analizy. W przypadku zastrzeżeń, co do wiarygodności otrzymanego wyniku analizy próbkę, w miarę możliwości, pobiera się ponownie w celu przeprowadzenia powtórnej analizy.
