Zgodnie z przepisami zawartymi w rozporządzeniu w sytuacji podwyższonej gotowości operacyjnej, która wymagają użycia przez Straż Graniczną zwiększonej liczby sił i środków, w związku z potrzebą intensyfikacji działań związanych z zapewnieniem bezpieczeństwa państwa, nienaruszalności granicy państwowej, ładu i porządku publicznego, przeciwdziałania i usuwania skutków klęsk żywiołowych Komendant Główny Straży Granicznej może – w drodze decyzji lub rozkazu na pisemny wniosek kierownika jednostki organizacyjnej lub kierownika komórki organizacyjnej, skierować funkcjonariusza do pełnienia służby w systemie skoszarowanym. Jednak należy podkreślić, że do pełnienia służby w systemie skoszarowanym nie można skierować jednocześnie obojga rodziców sprawujących pieczę nad małoletnimi dziećmi. Skierowanie do pełnienia służby w systemie koszarowym nie może przekraczać 6 miesięcy. Natomiast, istnieje możliwość, że w okresie 2 lat od zakończenia pełnienia służby w systemie koszarowym funkcjonariusz zostanie po raz kolejny do niej skierowany. Należy jednak podkreślić, iż aby tak się stało potrzebna jest jego pisemna zgoda.
Organizację służby w systemie skoszarowanym ustalają odpowiednio kierownicy jednostek organizacyjnych – w podległych im jednostkach organizacyjnych Straży Granicznej oraz kierownicy komórek organizacyjnych – w podległych im komórkach organizacyjnych Komendy Głównej Straży Granicznej. Ustalając organizację służby w systemie skoszarowanym należy określić dzienny tok służby oraz wyznaczyć miejsce zakwaterowania i przebywania funkcjonariuszy. Wspomniani kierownicy określając dzienny tok służby – wg rozporządzenia – mają kierować się zadaniami stawianymi funkcjonariuszom, warunkami zakwaterowania, możliwościami bazy szkoleniowej oraz ustaleniami zawartymi w obowiązujących programach szkolenia. Dzienny tok służby określa w szczególności godziny: pobudki i capstrzyku, przerw na posiłki, szkoleń programowych, obsługi uzbrojenia i sprzętu, prac porządkowo-gospodarczych oraz czasu pozasłużbowego, apeli, odpraw i instruktaży. W dziennym toku służby należy uwzględnić 8-godzinny czas snu w ciągu doby, organizację żywienia z przerwami między posiłkami do 6 godzin – za wyjątkiem okresu pomiędzy kolacją a śniadaniem, także czas pozasłużbowy od 2 do 4 godzin w dni, które nie są dniami wolnymi od zajęć służbowych. Zadaniem kierownika jednostki organizacyjnej lub kierownika komórki organizacyjnej jest sprawowanie nadzoru nad przestrzeganiem dziennego toku służby przez podległych mu funkcjonariuszy. W szczególnie uzasadnionych okolicznościach bezpośredni przełożony za zgodą kierownika może zarządzić zmiany w dziennym toku służby obowiązującym podległych mu funkcjonariuszy.
Zgodnie z art. 10 rozporządzenia funkcjonariusze zostają zakwaterowani na terenie jednostki organizacyjnej Straży Granicznej lub komórki organizacyjnej Komendy Głównej Straży Granicznej, w której pełnią służbę. Utrzymanie porządku pomieszczeń przeznaczonych do snu i wypoczynku należy do zakwaterowanych w nich funkcjonariuszy. Z kolei art. 11 stanowi, iż funkcjonariusze spożywają posiłki w miejscach do tego wyznaczonych w obiektach Straży Granicznej, lecz w uzasadnionych przypadkach spowodowanych brakiem możliwości przygotowania posiłków w obiektach Straży Granicznej kierownik może zezwolić na inne miejsce spożywania posiłków.
Dni wolne od zajęć służbowych są to niedziele, święta państwowe oraz inne dni wolne od służby ustalone na podstawie przepisów rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 17 czerwca 2002 r. w sprawie rozkładu czasu służby funkcjonariuszy Straży Granicznej (Dz. U. Nr 82, poz. 748). W tych dniach nie ogłasza się pobudki, można przeprowadzać odprawy w celu sprawdzenia stanu osobowego funkcjonariuszy oraz nie prowadzi się szkolenia programowego, jednak w uzasadnionych przypadkach kierownik może zarządzić przeprowadzenie szkoleń dodatkowych. W takiej sytuacji czas szkolenia nie może przekraczać 6 godzin dziennie.
W czasie pozasłużbowym funkcjonariusz musi przebywać w miejscu zakwaterowania. W innych miejscach na terenie obiektów Straży Granicznej funkcjonariusz może przebywać po uzyskaniu zgody bezpośredniego przełożonego, a w czasie jego nieobecności – zgody służby dyżurnej operacyjnej. Po uzyskaniu zgody bezpośredniego przełożonego na wyjście poza miejsce zakwaterowania funkcjonariusz powiadamia o tym fakcie służbę dyżurną operacyjną. W czasie pozasłużbowym funkcjonariusze mogą nosić ubrania cywilne, a w przypadku uczestnictwa w zajęciach sportowych, w miejscu zakwaterowania i poza obiektami Straży Granicznej funkcjonariusze mogą nosić odzież sportową. Należy podkreślić, iż funkcjonariusze mogą w celach pozasłużbowych opuszczać teren jednostki organizacyjnej Straży Granicznej lub komórki organizacyjnej Komendy Głównej Straży Granicznej, w której pełnią służbę, za zgodą właściwych przełożonych. Fakt opuszczenia terenu jednostki organizacyjnej Straży Granicznej lub komórki organizacyjnej Komendy Głównej Straży Granicznej oraz fakt powrotu odnotowuje się w prowadzonej dokumentacji związanej z pełnieniem służby w systemie skoszarowanym. Do dokumentów związanych z pełnieniem służby w systemie skoszarowanym zalicza się m.in.: książka służby, plan służby, książkę poleceń, a także dokumentację alarmową.
