Chodzi mianowicie o art. 52 ust. 3 przytoczonego na wstępie aktu prawnego. Zgodnie z jego treścią, wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy przez Polską Komisję Akredytacyjną w przedmiocie oceny określonej uczelni lub jednostki organizacyjnej, jest rozpatrywany na wspólnym posiedzeniu zespołu i prezydium Komisji w terminie nie dłuższym niż dwa miesiące od dnia otrzymania wniosku. Przepis ten jest sprzeczny z regulacją zawartą w art. 78 Konstytucji. Dla przypomnienia przepis ten stanowi, że każda ze stron ma prawo do zaskarżenia orzeczeń i decyzji wydanych w pierwszej instancji. Wyjątki od tej zasady oraz tryb zaskarżania określa ustawa.
W wyroku z dnia 25 lipca 2013 r. (sygn. akt SK 61/12) TK wyraźnie podkreślił, że art. 52 ust. 3 ustawy o szkolnictwie wyższym jest przepisem niekonstytucyjnym. Jednocześnie traci on z tego tytułu moc obowiązującą z upływem osiemnastu miesięcy od dnia ogłoszenia wyroku w Dzienniku Ustaw. Trybunał Konstytucyjny, badając rozwiązania kształtujące status PKA i charakter wydawanych przez nią uchwał, zwrócił uwagę na utrwalone orzecznictwo sądów administracyjnych, w świetle którego od uchwał Komisji wydanych w drugiej instancji nie przysługuje skarga do sądu administracyjnego. W wypadku podjęcia przez Komisję uchwały wyrażającej negatywną ocenę jakości kształcenia Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego, związany stanowiskiem Komisji w zakresie powyższej oceny, został zobowiązany przez ustawodawcę do wydania jednego z dwóch rozstrzygnięć – tj. decyzji o zawieszeniu albo decyzji o cofnięciu uprawnień ocenianej uczelni. Mając na względzie, że drugoinstancyjna uchwała, zawierająca negatywną ocenę Komisji, zobligowała Ministra do wymierzenia sankcji skarżącej uczelni, Trybunał uznał, że uchwała ta kształtuje jej sytuację prawną, przy czym jedynym środkiem zaskarżenia uchwały Prezydium Komisji, umożliwiającym merytoryczną kontrolę, jest wniosek o ponowne rozpatrzenie sprawy rozpoznawany, w świetle zakwestionowanego art. 52 ust. 3 ustawy o szkolnictwie wyższym, na wspólnym posiedzeniu zespołu i prezydium Komisji. Tym samym instrument, o którym mowa w art. 52 ust. 3 omawianej ustawy ma charakter niedewolutywny (nie następuje przeniesienie sprawy do wyższej instancji) i jest rozpoznawany częściowo przez te same osoby, które brały udział w wydaniu uchwały w pierwszej instancji. Dokonując oceny zgodności art. 52 ust. 3 przytoczonego aktu prawnego z art. 78 Konstytucji, Trybunał przypomniał, że brak dewolutywności (przeniesienia sprawy do wyższej instancji) w wymiarze organizacyjnym i personalnym sam w sobie nie przesądza o niekonstytucyjności regulacji zawartej w kwestionowanym przepisie. Brak ten musi być jednak równoważony odpowiednimi gwarancjami procesowymi dla podmiotu korzystającego z tego środka zaskarżenia. W wypadku art. 52 ust. 3 ustawy o szkolnictwie wyższym prawodawca nie tylko nie zapewnił takich gwarancji, ale wręcz stworzył mechanizm budzący poważne wątpliwości konstytucyjne. Wynikają one z faktu, że rozstrzygnięcie w sprawie skarżącej wydał podmiot o niejasnym ustrojowo statusie, w procedurze, w której nie znajdują zastosowania przepisy konstruujące ustawowe gwarancje zapewnienia bezstronności orzekającego organu (w szczególności przepisy kodeksu postępowania administracyjnego). Jednocześnie rozstrzygnięcie Komisji, obligujące Ministra do wymierzenia sankcji pod adresem ocenianej uczelni, na żadnym etapie nie podlega merytorycznej kontroli sądowej. Tymczasem kontrola ta jest w analizowanej sytuacji szczególnie uzasadniona, gdyż dokonanie przez Komisję negatywnej oceny jakości kształcenia danej uczelni, wiąże się z ingerencją w szereg zagwarantowanych konstytucyjnie wolności i praw przysługujących różnym podmiotom, tj. ocenianym szkołom wyższym, wykładowcom akademickim czy studentom.
W ocenie Trybunału, sytuacja, w której strona – w razie niezgodnego z prawem działania Komisji – nie ma szans na obronę swoich interesów w toku prowadzonego przez Ministra postępowania administracyjnego i nie jest wyposażona w środki obrony swych praw w ramach procedury sądowoadministracyjnej, nie odpowiada konstytucyjnym standardom. Art. 52 ust. 3 ustawy o szkolnictwie wyższym kształtując postępowanie odwoławcze, którego elementem jest wspólne rozpatrywanie wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy w ramach posiedzenia zespołu i Prezydium Komisji, pozostaje w sprzeczności z art. 78 Konstytucji. Biorąc pod uwagę kontekst normatywny zaskarżonego art. 52 ust. 3 ustawy, Trybunał podkreślił, że derogacja tego przepisu sama w sobie nie zapewni stanu zgodności z Konstytucją. Co więcej, w aktualnym stanie prawnym utrata mocy obowiązującej art. 52 ust. 3 pozbawiłaby szkoły wyższe jakiejkolwiek możliwości zaskarżania uchwał Komisji, co prowadziłoby do stanu tzw. wtórnej niekonstytucyjności.
