Rozporządzenie stanowi, iż finansowanie zadań ze środków finansowych przeznaczonych na naukę pochodzących z innych źródeł niż budżet państwa może nastąpić w przypadkach szczególnie ważnych dla realizacji polityki naukowej i naukowo-technicznej państwa i odbywa się w sposób określony w rozporządzeniu, z uwzględnieniem celu i sposobu wydatkowania wskazanego przez podmiot przekazujący te środki. Wysokość środków na finansowanie projektów badawczych przyznanych przez ministra właściwego do spraw nauki nie może być wyższa od określonej we wniosku. Wniosek o finansowanie projektu badawczego powinien być złożony wspólnie przez kierownika projektu oraz kierownika jednostki naukowej, w której ma być realizowany projekt. Wzór wniosku określa załącznik nr 1 do rozporządzenia. Należy podkreślić, iż wnioski opatrzone bezpiecznym podpisem elektronicznym mogą być przesyłane drogą elektroniczną.
Wniosek o finansowanie projektu własnego ocenia się, uwzględniając wartość naukową projektu, zasadność planowanych kosztów w stosunku do przedmiotu i zakresu badań, w tym zakupów aparatury naukowo-badawczej, możliwość wykonania projektu, w tym dorobek naukowy i kwalifikacje wykonawców oraz wyposażenie jednostki naukowej, prawidłowość wykorzystania przez kierownika projektu i jednostkę naukową wcześniej przyznanych środków finansowych na naukę, a także w odniesieniu do projektu habilitacyjnego – dorobek naukowy kierownika projektu powstały w okresie od uzyskania stopnia naukowego doktora i znaczenie zadań dla rozwoju danej dyscypliny nauki lub interdyscyplinarność badań. Podanie o finansowanie projektu własnego jest kierowany do opiniowania do 3 recenzentów. W sytuacji, gdy wniosek skierowano do recenzenta zagranicznego, opiniowaniu przez tego recenzenta podlega wyłącznie zawartość merytoryczna wniosku. Recenzent ocenia przesłane do niego wnioski w skali od 0 do 10 punktów z dokładnością do 0,5 punktu. Następnym etapem jest sporządzenie listy rankingowej wniosków z określonej dyscypliny naukowej lub grupy dyscyplin naukowych następuje w wyniku uzgodnienia ocen poszczególnych projektów własnych dokonanego na posiedzeniu recenzentów, któremu przewodniczy recenzent wskazany przez właściwego członka komisji Rady Nauki. Listę uczestników posiedzenia recenzentów ustala przewodniczący, powiadamiając pisemnie o tym ustaleniu ministra. Uzgodnienie ocen może nastąpić wyłącznie w przedziale pomiędzy przyznaną przez recenzentów najniższą i najwyższą liczbą punktów. Uzgodnienie może polegać na odrzuceniu oceny lub ocen, co wymaga uzasadnienia.
Na podstawie wyżej wymienionych list rankingowych minister podejmuje decyzje – o przyznaniu lub o odmowie przyznania środków finansowych na realizację projektów własnych – którą doręcza się wnioskodawcom. W terminie 3 miesięcy od dnia zakończenia postępowania w sprawie przyznania środków finansowych wnioskodawcy muszą przesłać do urzędu obsługującego ministra projekt umowy o realizację projektu własnego, zawierającej harmonogram i kosztorys. Niedotrzymanie tego terminu jest równoznaczne z rezygnacją z zawarcia umowy o realizację projektu własnego. Kierownik jednostki naukowej, której zostały przekazane środki finansowe na realizację projektu własnego wraz z kierownikiem tego projektu muszą składać – sporządzone według wzoru stanowiącego załącznik nr 2 do rozporządzenia – raporty roczne i raport końcowy w urzędzie obsługującym ministra lub przesłać drogą elektroniczną opatrzone bezpiecznym podpisem elektronicznym raporty. Raport roczny należy złożyć w terminie do dnia 31 marca następnego roku, jednak nie wcześniej jednak niż po upływie 8 miesięcy od dnia rozpoczęcia realizacji projektu własnego określonego w umowie. Natomiast raport końcowy należy złożyć w terminie 60 dni od dnia zakończenia realizacji projektu własnego. Rozliczenie przekazanych środków finansowych następuje na podstawie przedłożonego przez kierownika jednostki naukowej raportu końcowego oraz recenzji rozprawy doktorskiej lub informacji o uzyskaniu stopnia naukowego doktora.
